Determination of Purity, Assay, and Impurity Profile for a Ligand-Conjugated Antisense Oligonucleotide

Význam tématu

Analytická kontrola čistoty a impurit u syntetických oligonukleotidů je klíčová pro vývoj a uvolňování terapeutických produktů. Kombinace chromatografie a hmotnostní spektrometrie umožňuje přesné stanovení vysokoúrovňových i nízkoúrovňových nečistot, které nelze spolehlivě kvantifikovat jen UV detekcí. Metody založené na MS zvyšují citlivost i specificitu QC testování.

Cíle a přehled studie / článku

Cílem studie bylo demonstrovat využití rozšíření Agilent Oligo Analysis Accelerator (OAA) pro OpenLab CDS k urychlení a zjednodušení datové analýzy ligandem konjugovaného antisense oligonukleotidu (LICA). Studie hodnotí schopnost platformy stanovit čistotu, assay a profil nečistot s časem analýzy pod jednu hodinu na vzorek.

Použitá metodika a instrumentace

Metoda vychází z publikace Rentel et al. (2022) a kombinuje HPLC Agilent 1290 Infinity II s single-quadrupole MSD XT.
HPLC:

• Kolona: C18 Hybrid, 3,5 µm, 2,1×150 mm
• Mobilní fáze A: 10 % acetonitril, 5 mM tributylammonium acetate, 1 µM EDTA
• Mobilní fáze B: 80 % acetonitril, 5 mM tributylammonium acetate, 1 µM EDTA
• Gradient: 45–80 % B v 22 min
• Teplota kolony: 50 °C, průtok: 0,25 mL/min

MSD XT:

• Ionizace: ESI negativní režim
• Rozsah m/z: 1347,3–1847,3
• Podmínky: standardní (255 °C), harsh (350 °C)
• Proud sušícího plynu: 13 L/min, tlak nebulizéru: 25 psig
• Scan time: 1149 ms (standard), 1200 ms (harsh)

Vzorky byly připraveny při 0,1 mg/mL; softwarově se využil Agilent OpenLab CDS 2.8 a OAA 1.0.

Hlavní výsledky a diskuse

Automatizované určení system suitability a integrace EEI/LEI fragmentů UV chromatogramu eliminovalo manuální chyby a zrychlilo workflow. Klasifikace iontů podle prahových hodnot a překrytí spekter standardních a harsh podmínek umožnila přesné rozlišení nečistot a aduktů. EIC integrace vedla k rychlému výpočtu relativní čistoty hlavního produktu (FLP ~89,8 %) a nízkoúrovňových nečistot (<1 %). Uživatelský zásah je možný prostřednictvím UI, včetně úprav integrace a re-klasifikace iontů.

Přínosy a praktické využití metody

Metoda nabízí:

• Zrychlení analýzy pod jednu hodinu na vzorek
• Automatizaci úkolů citlivých na chybu
• Integrovanou stopu změn a auditní záznam
• Využití stávající infrastruktury OpenLab CDS
• Flexibilitu v řízení složitých oligonukleotidových QC procesů

Budoucí trendy a možnosti využití

Očekávané směry rozvoje:

• Integrace strojového učení pro predikci profilů nečistot
• Rozšíření podpory pro různé modifikace oligonukleotidů
• Cloudové zpracování dat a centralizovaná QC režie
• Úzká spolupráce s digitálními platformami pro správu dat

Závěr

Agilent Oligo Analysis Accelerator pro OpenLab CDS efektivně zjednodušuje komplexní LC/MS datovou analýzu ligandem konjugovaných antisense oligonukleotidů. Automatizace klíčových kroků zvyšuje přesnost, zkracuje dobu analýzy a podporuje robustní datovou integritu při QC a uvolňování šarží.

Reference

1. Rentel, C.; Gaus, H.; Bradley, K.; Luu, N.; Kolkey, K.; Mai, B.; Madsen, M.; Pearce, M.; Bock, B.; Capaldi, D. Assay, purity, and impurity profile of phosphorothioate oligonucleotide therapeutics by ion pair–HPLC–MS. Nucleic Acid Ther. 2022, 32(3), 206–220.