Současné trendy v epidemiologii antimikrobiální rezistence v ČR – humánní medicína (CPO, ESBL, MRSA, VRE)

Význam tématu

Sledování antimikrobiální rezistence (AMR) má zásadní dopad na klinickou péči i veřejné zdraví. V České republice rostoucí výskyt producentů karbapenemáz (zejména NDM a kombinací NDM + OXA-48‑like) u nosokomiálních i komunitních izolátů představuje akutní terapeutickou a epidemiologickou hrozbu. Hypervirulentní kmeny Klebsiella pneumoniae a nově se objevující karbapenemázové kmeny Pseudomonas aeruginosa vykazují vysokou schopnost šíření mezi zařízeními a omezují léčebné možnosti na několik zachovalejších antibiotik (např. kolistin, cefiderocol, aztreonam/avibactam). Účinná národní surveillance kombinovaná s molekulárně-genomickými metodami je klíčová pro rychlé odhalení ohnisek, trasování přenosu a cílená kontrolní opatření.

Cíle a přehled studie / článku

Shrnutí prezentace se zaměřuje na současné epidemiologické trendy antimikrobiální rezistence v humánní medicíně v ČR (2011–2025, s důrazem na poslední roky). Hlavními cíli jsou popis vývoje spotřeby antibiotik, incidence rezistentních patogenů (karbapenemázoví producenti, ESBL, MRSA, VRE), charakterizace proběhlých outbrea-ků a ukázka přínosu genomové analýzy pro šetření epidemiologie.

Použitá metodika

• Sběr národních dat z monitorovacích sítí (EARS‑Net/ECDC) a národního referenčního laboratoře (NRL) ve spolupráci s LF Plzeň.
• Klinicko‑epidemiologická data zahrnovala typ materiálu (rektální screening, moč, krev, rány), původní oddělení a geografickou distribuci izolátů.
• Mikrobiologické vyšetření: kultivace, standardní fenotypické testy rezistence a stanovení minimálních inhibičních koncentrací (antibiogramy).
• Molekulární metody: detekce genů karbapenemáz, plasmidová typizace a plazmidová analýza.
• Celogenomové sekvenování (WGS) a fylogenetická analýza založená na SNP pro stanovení příbuznosti izolátů a trasování outbreaků.

Použitá instrumentace

• Automatizované systémy pro stanovení MIC a fenotypickou citlivost (komerční platformy běžné v klinických laboratořích).
• Platformy pro celogenomové sekvenování (technologie krátkých i dlouhých čtení používané pro WGS).
• Bioinformatické nástroje pro sestavování genomů, detekci rezistenčních genů, analýzu plazmidů a výpočet SNP distance pro fylogenetiku.
• Standardní laboratorní vybavení pro kultivaci, izolaci DNA/RNA a PCR detekce.

Hlavní výsledky a diskuse

• Růst počtu izolátů producentů karbapenemáz v ČR v letech 2011–2025, s nárůstem zejména od roku 2018 a expanzí kombinací NDM + OXA‑48‑like. Dominují high‑risk klony Klebsiella pneumoniae (ST147, ST307, ST11).
• V řadě izolátů byla detekována hypervirulentní genová výbava (např. iucA, rmpA/rmpA2, peg344), což zvyšuje klinickou závažnost infekcí a riziko opakovaných či těžkých průběhů.
• Pseudomonas aeruginosa s produkcí NDM (ST773) se projevil jako emergentní hrozba s jasnými outbrea‑kovými projevy a mezinemocničním šířením; WGS potvrdilo vysokou genetickou příbuznost outbreakových izolátů (v rámci outbrea‑ku nízký počet SNP, mimo něj vyšší variabilita).
• Fenotypy rezistence ukazují často téměř panrezistentní profily; většina sekvenovaných K. pneumoniae byla citlivá pouze k několika rezervním antibiotikům (kolistin, cefiderocol, kombinace aztreonam/avibactam a někdy fosfomycin).
• Geografické rozložení ukazuje rozptýlení případů po většině krajů ČR, často s vazbou na hospitalizace, transfery pacientů a cestovní anamnézu (u části izolátů).
• ESBL‑producenti, MRSA a VRE vykazují stabilní nebo méně dramatické trendy ve sledovaném období, avšak zůstávají relevantní problém pro domácí i nemocniční péči.
• WGS se ukázalo jako klíčové pro odlišení skutečných outbreaků od nesouvisejících případů, pro lokalizaci genů na mobilních elementech a pro pochopení mezidruhového přenosu rezistence.

Přínosy a praktické využití metody

• Integrace fenotypických testů s WGS umožňuje přesné trasování přenosu patogenů, identifikaci zdrojů outbrea‑ků a odhalení mobilních elementů zodpovědných za horizontální přenos rezistence.
• Výsledky genomiky podporují rozhodování v infekční kontrole (cílené screeningy, izolace pacientů, dekontaminace oddělení) a umožňují efektivnější alokaci zdrojů.
• Detailní znalost rezistenčních mechanizmů pomáhá v klinické praxi vybírat zbylá účinná antibiotika a navrhovat kombinované terapie (např. aztreonam/avibactam proti NDM‑produkujícím Enterobacterales).

Budoucí trendy a možnosti využití

• Rozšíření rutinního využití WGS pro rychlou detekci a monitorování ohnisek rezistence v reálném čase a větší interoperabilita národních a mezinárodních databází genomů.
• Větší zaměření na sledování plasmidů a transpozonů jako hlavních faktorů šíření rezistence mezi druhy a klony.
• Integrace genomických dat se systémem elektronického zdravotnictví pro rychlé upozornění na rizikové kmeny při přesunech pacientů mezi zařízeními či kraji.
• Vývoj a zavádění rychlých molekulárních diagnostik na místě péče (point‑of‑care) pro cílené nasazení antibiotik a rychlé infekční kontroly.
• Propojení sledování AMR v humánní medicíně s One Health přístupem (živočišná produkce, životní prostředí) za účelem komplexního omezení šíření rezistence.
• Posílení antimikrobiální politiky (antibiotická stewardship) založené na lokálních datech a podpořená průběžnou edukací zdravotnického personálu.

Závěr

V ČR představují největší současné riziko producenti karbapenemáz, zejména NDM a kombinace NDM + OXA‑48‑like, často v rámci high‑risk klonů Klebsiella pneumoniae. Nově se objevující NDM‑produkující Pseudomonas aeruginosa (ST773) je příkladem rychle se šířící mezinemocniční hrozby. Celogenomové sekvenování a jeho spojení s epidemiologickými daty jsou nezbytné pro efektivní trasování, řízení outbreaků a plánování intervence. ESBL, MRSA a VRE zůstávají klinicky významné, avšak bez dramatických výkyvů v posledním sledovaném období. Posílení národní surveillance, širší dostupnost WGS a soustavná spolupráce mezi lokálními epidemiology a nadnárodními organizacemi jsou klíčové pro zvládnutí budoucích výzev.

Reference

• Chudějová K. Epidemiologie antimikrobiální rezistence v ČR – souhrn dat NRL a LF Plzeň, data 2011–2025 (prezentace, publikace v recenzním řízení).
• ECDC. Antimicrobial consumption and EARS‑Net reports (ECDC/EARS‑Net annual epidemiological reports, 2019–2024).
• WHO. Bacterial Priority Pathogens List, 2024.
• Loqman S., et al. Antibiotics. Charakteristika NDM + OXA‑48‑like producentů a jejich epidemiologie.
• Russo T. A., et al. Hypervirulent Klebsiella pneumoniae – Clin Microbiol Rev. 2019; přehled rizik a markerů hypervirulence.