AccelerOme Automated Sample Preparation Platform

Význam tématu

Proteomické analýzy vyžadují spolehlivou a reprodukovatelnou přípravu vzorků; manuální postupy bývají časově náročné a náchylné k chybám, což může významně ovlivnit kvalitu výsledných dat.

Cíle a přehled studie / článku

Popis a hodnocení platformy Thermo Scientific AccelerOme pro automatizovanou přípravu vzorků v proteomických workflow. Cílem je ukázat, jak platforma zkracuje dobu přípravy, zvyšuje přesnost a reprodukovatelnost a podporuje jak label-free, tak TMT multiplexing metody.

Použitá metodika a instrumentace

• Hardware: modul pro ředění (1 ml stříkačka, kapacita lahví 500 ml a 1 l), µSPE kazety pro čištění peptidů, termální mixer, dotykový displej a reagenciový tray s chlazením.
• Software: Experiment Designer pro návrh studie, náhodné přiřazení vzorků, správu metadat a export do Orbitrap MS a Proteome Discoverer.
• Reagencie: továrně balené sady pro digesti, alkylaci, TMT značení a čistění peptidů garantující konzistentní výkon.

Hlavní výsledky a diskuse

• Automatizovaná příprava 36 vzorků trvá přibližně 6,5 hodiny a vyžaduje pouze dva zásahy operátora na začátku a na konci procesu, oproti častým manuálním dotykům.
• Digestion efficiency dosahuje 93 % plně tryptických peptidů a pouze 7 % s jedním missed cleavage.
• Variabilita výsledků je nízká (< 10 % CV) u label-free i TMT experimentů.
• Příklad studie s 144 vzorky krve velkých koček ukázal, že příprava a analýza proběhla paralelně během 80 hodin s téměř nulovou potřebou ruční práce.
• TMT multiplexing prokázal robustní kvantitativní výkon s 2× poměrem signálů a CV pod 10 %.

Přínosy a praktické využití metody

• Snížení chybovosti díky minimalizaci lidských zásahů.
• Modulární konstrukce umožňuje přípravu různých typů vzorků (buňky, tkáně, biofluidy).
• Plná kompatibilita s platformou Orbitrap a softwarem Proteome Discoverer pro plynulý přenos a zpracování dat.
• Zvýšení průchodnosti laboratoře (high-throughput) a optimalizace využití času výzkumníků.

Budoucí trendy a možnosti využití

Očekává se další rozvoj automatizace přípravy vzorků, včetně nových multiplexních chemistrií, adaptací pro single-cell proteomiku, integrace umělé inteligence pro optimalizaci protokolů a propojení do komplexních end-to-end řešení v klinické a průmyslové praxi.

Závěr

Thermo Scientific AccelerOme představuje rychlé, spolehlivé a vysoce reprodukovatelné řešení pro proteomickou přípravu vzorků, které výrazně zefektivňuje workflow a zvyšuje kvalitu dat ve výzkumných i komerčních aplikacích.

Reference

Nejsou uvedeny žádné literární zdroje.