V srpnu až září 2020 jsem pro Vás představil 5ti dílnou serii webinářu Wiley Webinar Series o vyhledávání v knihovně EI spekter NIST. Série demonstruje efektivní využití softwaru NIST, jako je MS Search, MS Interpreter a AMDIS s knihovnami Wiley, NIST a uživateli vytvořenými knihovnami.
<h3>V první části se podíváme na:</h3>
Prezentaci k první části naleznete v <a href="https://gcms.cz/library?search=spectral%20searches%20with%20nist%20ms%20search&amp;manufacturerItems=55">knihovně LabRulezGCMS</a>.
<ul>
<li>NIST Mass Spectrometry Software and Wiley Libraries</li>
<li>Help Files for NIST Search</li>
<li>General Windows commands/functions </li>
<li>Customizing the windows </li>
<li>Tour of NIST Search Program </li>
<li>Critical parameters for searching library</li>
<li>Setting up presearch parameters</li>
<li>Primary Libraries of EI Spectra and Associated Structures </li>
<li>Other EI Libraries: Wiley/NIST Combined and specialty </li>
<li>Selecting the libraries used for spectral searches </li>
<li>Select the libraries used for similar structure searches </li>
<li>Selecting limits to avoid high match factors for partial spectra </li>
<li>Constraints applied to hit list after the list is determined </li>
<li>Saving setup of standard search parameters </li>
<li>Searching demonstration/Tip No. Synonyms and databases </li>
<li>Reverse match for mixtures versus standard match .</li>
<li>Display of related species </li>
<li>InChIKey field link to PubChem on web </li>
<li>Updating indices in older libraries</li>
<li>Library spectra m/z values by nominal not exact mass </li>
<li>Retention indices (Kovat) determined by users in AMDIS</li>
<li>Different derivative displays</li>
<li>Using NIST software to obtain proposed nominal MW and substructures</li>
<li>Webinar references </li>
<li>Acknowledgements</li>
</ul>
<h3>Dalších částech se zaměříme na:</h3>
<ul>
<li><a href="https://gcms.cz/article/1085">Část 2: Hledání struktur pomocí NIST MS Search a používání MS Interpreter</a>
</li>
<li><a href="https://gcms.cz/article/1108">Část 3: AMDIS (NIST) pro zpracování datových souborů EI hmotnostních spekter</a>
</li>
<li><a href="https://gcms.cz/article/1127">Část 4: Pokročilé hybridní vyhledávání NIST EI a MS/MS Spekter</a>
</li>
<li><a href="https://gcms.cz/article/1159">Část 5: Vytváření a sdílení uživatelských EI a MS/MS knihoven</a>
</li>
</ul>

Seminář Wiley - Část 1: Hledání spekter pomocí NIST MS Search

V srpnu až září 2020 jsem pro Vás představil 5ti dílnou serii webinářu Wiley Webinar Series o vyhledávání v knihovně EI spekter NIST. Série demonstruje efektivní využití softwaru NIST, jako je MS Search, MS Interpreter a AMDIS s knihovnami Wiley, NIST a uživateli vytvořenými knihovnami.
<h3>Ve druhé části se podíváme na:</h3>
Prezentaci ke druhé části naleznete v <a href="https://gcms.cz/library?search=spectral%20searches%20with%20nist%20ms%20search&amp;manufacturerItems=55">knihovně LabRulezGCMS</a>.
<ul>
<li>Webinar topics </li>
<li>Help Files for NIST Search </li>
<li>General Windows commands/functions </li>
<li>Primary Libraries of EI Spectra and Associated Structures </li>
<li>Select the libraries used for Exact Structure searches </li>
<li>Obtaining structures from chemical drawing program </li>
<li>Search for similar structures after inserting clipboard structure </li>
<li>Sending Structure from MS Search to drawing program </li>
<li>Tips for displaying structure search results </li>
<li>Tips for displaying related structures in structure searches </li>
<li>Search for exact structures </li>
<li>Using compare window to display multiple spectra </li>
<li>View of hit list structure search options utilized </li>
<li>MS interpreter for correlating structure to spectrum</li>
<li>Do the 3 isomers of methyl hydroxybenzoate fragment differently?</li>
<li>Any structure and associated spectrum sent to MS Interpreter</li>
<li>Accurate mass spectrum correlated to structure in MS Interpreter </li>
<li>Webinar references </li>
<li>Acknowledgements</li>
</ul>
<h3>Dalších částech se zaměříme na:</h3>
<ul>
<li><a href="https://gcms.cz/article/1108">Část 3: AMDIS (NIST) pro zpracování datových souborů EI hmotnostních spekter</a>
</li>
<li><a href="https://gcms.cz/article/1127">Část 4: Pokročilé hybridní vyhledávání NIST EI a MS/MS Spekter</a>
</li>
<li><a href="https://gcms.cz/article/1159">Část 5: Vytváření a sdílení uživatelských EI a MS/MS knihoven</a>
</li>
</ul>
<h3>V předchozích částech Semináře jsme se zaměžili na:</h3>
<ul>
<li><a href="https://gcms.cz/article/1065">Část 1: Hledání spekter pomocí NIST MS Search</a></li>
</ul>

Seminář Wiley - Část 2: Hledání struktur pomocí NIST MS Search a používání MS Interpreter

MS/MS (tandemová) spektra lze použít k identifikaci neznámých látek pomocí vyhledávání v knihovně. Toho je dosaženo v podstatě stejným způsobem, jaký se používá pro EI GC-MS s vyhledávacím softwarem NIST. Součástí nejnovějšího vydání NIST knihovny 2020 je také vylepšená verze NIST Search 2.4.
V této 8-mi dílné sérii tréninkových webinářů se pokusím se seznámit uživatele s používáním vyhledávacího softwaru NIST verze 2.4 využívajícího NIST, Wiley, “crowd-sourced (MoNA)” a uživatelských knihoven pro identifikaci neznámých látek.
NIST má ambiciózní program na rozšíření svých již tak komplexních a vysoce kvalitních databází MS/MS.
Podívejte se na následující odkaz: <a href="https://littlemsandsailing.files.wordpress.com/2020/12/xiaoyu_yang_asms2020_presentation.pdf">NIST Pipeline for Extending MS/MS Libraries</a>
To zahrnuje velmi komplexní proces výběru a nákupu příslušných sloučenin a jejich následné analýzy. Problém s variabilitou spekter se snižuje analýzou vzorků na různých přístrojích a na různých energetických úrovních (20 kroků). Kromě toho je charakterizováno mnoho různých prekurzorových iontů a fragmentových iontů (MSⁿ). To již vedlo k dostupnosti rozsáhlé a vysoce kvalitní knihovny přesných hmotnostních MS/MS spekter ve verzi vydané v roce 2020 (31K sloučenin/1,3 M spekter) a úsilí dále pokračuje. 
<h3>Ve druhé části se podíváme na:</h3>
Prezentaci ke druhé části naleznete v <a href="https://lcms.cz/library?search=lc%2Fms%20unknown%20identifications%20using%20msms%20libraries&amp;manufacturerItems=55">knihovně LabRulezLCMS</a>.
<ul>
<li>Introduction to Presenter, James Little</li>
<li>Table of Contents </li>
<li>Series of Talks: LCMS Unknown Identifications Using MSMS Libraries</li>
<li>Help Files for NIST Search</li>
<li>NIST Software in General is “Windows Compliant” </li>
<li>NIST Tandem Quick Start Guide</li>
<li>Overview: NIST Mass Spectrometry Software and MSMS Libraries </li>
<li>Limitations of MSMS Searches for Unknown Identifications </li>
<li>Three Basic Types of NIST MSMS (Tandem) Searches </li>
<li>Overall Description for Searching Libraries and Displaying Results</li>
<li>NIST MSMS (Tandem) Libraries 2020 Release </li>
<li>Minimizing Number of Results After Search Performed </li>
<li>Two Types of Ions Filtered with MSMS Hit List Filter Option </li>
<li>Setting Default Parameters for Similarity Search (7 Steps)</li>
<li>Setting Default Parameters for Identify MS/MS Search (8 Steps) </li>
<li>Setting Default Parameters for MS/MS Hybrid Search (9 Steps) </li>
<li>Searching Demonstration (Live YouTube) </li>
<li>Presentation References (Internet Hyperlinks)</li>
<li>Acknowledgements</li>
</ul>
<h3>Dalších částech se zaměříme na:</h3>
<ul>
<li>Část III: Podrobnější diskuse o hybridním MSMS vyhledávání</li>
<li>Část IV: Import MSMS Spekter</li>
<li>Část V: Hledání struktury v NIST</li>
<li>Část VI: MS Interpreter korelace struktury pomocí MSMS iontů</li>
<li>Část VII: Používání a vytváření dalších MSMS knihoven</li>
<li>Část VIII: Identifikace neznámých látek pomocí „Spectraless“ knihoven</li>
</ul>

Identifikace neznámých látek v LC/MS pomocí MSMS knihoven - Část 2: Vyhledávací software a knihovny NIST 

Webináře

Aplikace

Akademie

Osobnosti

Plasty

Životní prostředí

Potraviny

Vody

Zdraví

Přednáška

Vědecký článek

Rozhovor

Toxikologie

Popularizace

Věda a výzkum

Software

Covid-19

Kariéra

Článek

Laboratoře

Různé

Produkt

Video

Poster

Nejbližší akce

Typ novinky

Zaměření

Mým hlavním zájmem je identifikace organických sloučenin hmotnostní spektrometrií v organických směsích.

James Little/Mass Spec Interpretation Services

19th Czech - Slovak Spectroscopic Conference (CSSC) & Mössbauer Spectroscopy in Material Science (MSMS)

Altium Multi-Omics Solutions Day at CEITEC

Waters Softwarové školení Empower Basic

GLP-1 & GIP under the lens: HRMS strategies for synthetic peptide profiling

LC-MS/MS Analysis of Nitrosamines using novus V55

Using Targeted Methylation Sequencing to Bring Epigenetic Biomarkers to the Clinic