To, zda léčivo dokáže účinně zasáhnout svůj cílový protein nebo jak spolu jednotlivé části viru či buňky interagují, závisí na dějích odehrávajících se na úrovni jednotlivých molekul. Jejich chování přitom neurčuje jen tvar, ale také elektrostatické síly, které mezi nimi působí. Porozumět jejich rozložení proto vědcům pomáhá lépe pochopit, proč se určité molekuly přitahují, jak se k sobě vážou a jak spolu vzájemně interagují.Právě k tomu slouží <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://acc.biodata.ceitec.cz/">Atomic Charge Calculator (ACC)</a>, výpočetní nástroj, který vědci z&nbsp;Masarykovy univerzity rozvíjejí už více než deset let. Jeho třetí, dosud nejpokročilejší generace vznikla na CEITEC Masarykovy univerzity a Přírodovědecké fakultě Masarykovy univerzity ve spolupráci s Fakultou informatiky MU a Univerzitou Palackého v Olomouci.ACC III umožňuje počítat elektrické náboje jednotlivých atomů a zobrazit jejich rozložení přímo v trojrozměrné struktuře molekul. V jediném prostředí nabízí dvacet různých výpočetních metod a dokáže pracovat s širokým spektrem molekul – od malých organických látek až po proteiny a další velké biomolekulární struktury.Výhodou Atomic Charge Calculator III je spojení širokého spektra výpočetních metod s jednoduchou dostupností: základní výpočty lze provádět přímo prostřednictvím webového prohlížeče, bez instalace specializovaného softwaru a bez registrace. Výsledné náboje lze rovnou zobrazit na 3D modelu molekuly. Pro pokročilé uživatele a rozsáhlé analýzy platforma zároveň nabízí automatizované zpracování dat a možnost provozovat výpočetní jádro lokálně.<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/CEITEC_Co_pritahuje_molekuly_Nova_generace_nastroje_z_CEITEC_zviditelnuje_sily_mezi_atomy_d32d7bd2cd.jpg" alt="CEITEC/Biological Data Management and Analysis Core Facility: Co přitahuje molekuly? Nová generace nástroje z CEITEC zviditelňuje síly mezi atomy: Oseltamivir navázaný na neuraminidázu viru chřipky (modře: kladné parciální náboje, červeně: záporné náboje). Mezi záporně nabitou oblastí léčiva a kladně nabitými oblastmi proteinu dochází k silné elektrostatické interakci." srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_CEITEC_Co_pritahuje_molekuly_Nova_generace_nastroje_z_CEITEC_zviditelnuje_sily_mezi_atomy_d32d7bd2cd.jpg 140w," sizes="100vw" width="1600" height="1786"><h3>Proč vědce zajímají elektrické náboje atomů</h3>Elektrony nejsou v molekulách rozloženy rovnoměrně. Jednotlivé atomy proto mohou nést různě velký částečný – neboli parciální – elektrický náboj. A právě ten do značné míry ovlivňuje, jak se molekuly budou chovat vůči svému okolí i vůči sobě navzájem.Kladně a záporně nabité části molekul se mohou přitahovat, zatímco stejně nabité části se odpuzují. Rozložení nábojů tak pomáhá určovat, které molekuly se k sobě přiblíží, jakým způsobem se vůči sobě natočí nebo jak pevně se mohou navázat. V biologii je to důležité například při rozpoznávání mezi molekulami nebo při vazbě léčiva na cílový protein. Znalost parciálních nábojů proto vědcům pomáhá lépe porozumět interakcím, které stojí za fungováním mnoha molekulárních systémů.Neexistuje přitom jediný univerzální způsob, jak parciální náboje určit. Různé výpočetní metody mohou vést k odlišným hodnotám a jejich volba závisí také na tom, k čemu chce vědec výsledky použít. Přesné kvantově-chemické výpočty navíc mohou být u velkého množství struktur velmi náročné. ACC III proto sdružuje empirické metody, které umožňují výpočty provádět rychleji a ve velkém měřítku. „ACC III jsme od začátku navrhovali tak, aby byl výpočet parciálních atomových nábojů co nejjednodušší. Uživatel nemusí nic instalovat ani složitě nastavovat – stačí nahrát molekulu a jedním kliknutím spustit výpočet. Aplikace přitom sama nabídne vhodné metody z celkem dvaceti dostupných, přičemž zvládá malé molekuly i rozsáhlé biomolekulární struktury,“ říká <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://www.ceitec.cz/rndr-tomas-racek-ph-d/u94476?page=publication">Tomáš Raček</a>, který ACC vyvíjí a spravuje od roku 2018.<h3>Jak se protivirový lék váže k proteinu chřipkového viru</h3>Co lze z rozložení nábojů vyčíst, ukazují autoři na známém antivirotiku oseltamivir, prodávaném pod obchodním názvem Tamiflu. Lék se váže na neuraminidázu, protein viru chřipky typu A. Pomocí ACC III lze přímo v trojrozměrné struktuře zobrazit, kde se nacházejí kladné a záporné parciální náboje a jak se podílejí na interakci léčiva s proteinem.„Na příkladu oseltamiviru je dobře vidět, proč je užitečné náboje nejen vypočítat, ale také je zobrazit přímo ve struktuře. Můžeme tak sledovat, které části obou molekul spolu elektrostaticky interagují. Stejným způsobem lze zkoumat mnoho dalších molekulárních systémů,“ vysvětluje Tomáš Raček.ACC III přitom není určen pouze pro malé molekuly. Dokáže pracovat také s proteiny a dalšími velkými biomolekulárními strukturami. Druhým příkladem, na kterém autoři jeho možnosti demonstrují, je pórový komplex SARS-CoV-2. Koronaviry tyto póry vytvářejí během množení v infikovaných buňkách a využívají je k transportu virové RNA přes membrány. Vizualizace parciálních nábojů zde pomáhá rozlišit části komplexu procházející nepolárním prostředím membrány od jeho nabitějších oblastí.<h3>Od výpočtu rovnou k trojrozměrnému modelu</h3>Nová generace Atomic Charge Calculatoru přináší také modernější způsob vizualizace. Využívá nástroj Mol*, který umožňuje vypočtené náboje zobrazit přímo na trojrozměrné struktuře a interaktivně ji prohlížet. Právě vizualizace vytvořená pomocí ACC III se dostala také na obálku speciálního čísla časopisu Nucleic Acids Research věnovaného webovým výzkumným nástrojům. Autorem titulního obrázku, který zachycuje rozložení parciálních nábojů v membránovém proteinovém systému, je Tomáš Raček.<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/CEITEC_Co_pritahuje_molekuly_Nova_generace_nastroje_z_CEITEC_zviditelnuje_sily_mezi_atomy_3_85cc310925.jpeg" alt="CEITEC/Oxford University Press: Co přitahuje molekuly_Nová generace nástroje z CEITEC zviditelňuje síly mezi atomy: Obálka speciálního čísla časopisu Nucleic Acids Research." srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_CEITEC_Co_pritahuje_molekuly_Nova_generace_nastroje_z_CEITEC_zviditelnuje_sily_mezi_atomy_3_85cc310925.jpeg 124w," sizes="100vw" width="1600" height="2011">Výsledky lze stáhnout v několika standardních formátech a nově také ukládat přímo ve formátu mmCIF, který se běžně používá pro ukládání trojrozměrných struktur biomolekul. Informace o struktuře a vypočtených nábojích tak mohou zůstat společně v jednom souboru a být dále využívány jinými nástroji.Pro zpracování velkého množství struktur je k dispozici také programové rozhraní API a výpočetní jádro, které lze provozovat lokálně. ACC III tak může sloužit jak pro jednotlivé výpočty prostřednictvím webového rozhraní, tak jako součást rozsáhlejších automatizovaných analýz.<h3>Více než deset let vývoje</h3>První Atomic Charge Calculator vědci představili v roce 2015, druhá generace následovala v roce 2020. Tým mezitím vytvořil také specializované nástroje PDBCharges pro struktury z Protein Data Bank a AlphaCharges pro struktury z databáze AlphaFold. „Atomic Charge Calculator nevznikl jako jednorázový projekt,“ uvádí <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://www.ceitec.cz/prof-rndr-radka-svobodova-ph-d/u17518?page=publication">Radka Svobodová</a>, vedoucí sdílené laboratoře Správa a analýza biologických dat na CEITEC MUNI. „Více než deset let postupně rozvíjíme nástroje, které reagují na nové možnosti strukturní bioinformatiky i na potřeby jejich uživatelů. Třetí generace propojuje jednoduché webové použití s možnostmi, které jsou důležité pro automatizované zpracování velkého množství molekulárních struktur,“ dodává.<blockquote>Atomic Charge Calculator III je volně dostupný prostřednictvím webového rozhraní a pro základní použití nevyžaduje registraci. Jeho vývoj podpořila výzkumná infrastruktura ELIXIR CZ.</blockquote><h5>Novou generaci nástroje představili jeho autoři v časopise <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://academic.oup.com/nar/article/54/W1/W211/8662890">Nucleic Acids Research</a>.</h5>

 Co přitahuje molekuly? Nová generace nástroje z CEITEC zviditelňuje síly mezi atomy 

Ne každé zakoncentrování vzorku lze provádět za zvýšené teploty – a ne každý koncentrátor, který si dobře poradí s ohřevem, dokáže stejně dobře pracovat i při nízkých teplotách. <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://labrulez.com/cs-cz/all/products/2441">Chlazené odstředivé vakuové koncentrátory</a> mají své opodstatnění: proteiny, RNA, enzymy a syntetické peptidy mohou při tepelném namáhání rychle degradovat a běžné koncentrátory spoléhající pouze na ohřev mohou narušit integritu vzorku ještě před dokončením odpařování. Porovnali jsme dva přední chlazené systémy – Labconco Refrigerated CentriVap a <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://labrulez.com/cs-cz/all/products/2611">Thermo Fisher Refrigerated SpeedVac SRF110</a> –, abychom zjistili, jak si vedou v laboratořích, kde je zachování integrity vzorků zásadní.<blockquote><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://explore.organomation.com/labconco-refrigerated-centrivap-vs-thermo-fisher-refrigerated-speedvac">Stáhněte si kompletní srovnání včetně cen!</a></blockquote><h3>Jaký problém chlazení skutečně řeší</h3>Jedna podstatná skutečnost se při srovnávání technických specifikací často přehlíží: při provozu <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://labrulez.com/cs-cz/lcms/products?manufacturerItems=540&amp;search=centrivap">vakuového koncentrátoru</a> bez regulace teploty se může vzorek nadměrně ochladit. Při odpařování rozpouštědla za vakua se ze vzorku odebírá latentní teplo – jde o stejný princip ochlazování při odpařování, díky němuž odpařující se pot působí chladivě. U tepelně stabilního rozpouštědla to není podstatné. U biomolekul citlivých na teplotu však může teplota vzorku klesnout natolik, že během procesu hrozí nežádoucí zamrznutí nebo sublimace.Technická dokumentace společnosti Labconco k chlazenému systému CentriVap tento princip popisuje přímo: přístroj kombinuje chladicí systém s ohřevem, takže obsluha může udržovat přesně nastavenou teplotu a zabránit sublimaci vzorků způsobené ochlazováním při odpařování. Právě proto tato kategorie přístrojů existuje a je dobré tomu porozumět ještě před porovnáváním jednotlivých technických parametrů.<h3>Cena: Výraznější rozdíl v nejvyšší cenové kategorii</h3>Cena přístroje Labconco Refrigerated CentriVap se obvykle pohybuje kolem 13 000 USD. Thermo Fisher SRF110 je dražší, jeho cena se zpravidla pohybuje mezi 15 000 a 17 000 USD, a to ještě před započtením jednotlivých součástí modulární sestavy. Do celkové ceny je totiž třeba zahrnout také samostatný vakuový systém, rotor, lapač par a teplonosnou kapalinu.Cenový rozdíl mezi těmito dvěma chlazenými systémy je výraznější než u jejich nechlazených protějšků, které jsme porovnávali dříve. V této cenové kategorii tak ještě více vyniká cenová výhodnost systému CentriVap.<h3>Kapacita: Rozdíl, na kterém teď záleží nejvíce</h3>Právě zde se oba systémy liší nejvýrazněji – a tento rozdíl zároveň odpovídá směru, kterým se vyvíjejí požadavky laboratoří. Chlazený CentriVap dokáže zpracovat až 312 vzorků v jednom cyklu, zatímco SRF110 maximálně 132. Oba systémy pracují s objemy až 50 ml, takže na rozdíl od našeho předchozího srovnání zde nejde o kompromis z hlediska objemu vzorku. CentriVap má jednoduše výraznou výhodu v počtu vzorků zpracovaných během jednoho cyklu.Tento rozdíl je důležitý, protože <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://peptidestaff.com/industry-trends/peptide-therapy-market-forecast-2026/">léčiva na bázi peptidů</a> se stala jednou z nejrychleji rostoucích skupin léčiv ve farmaceutickém průmyslu a za hlavní překážku dalšího rozvoje tohoto odvětví je často označována výrobní kapacita, nikoli poptávka. Zejména <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://labrulez.com/cs-cz/all/article/7540">programy GLP-1</a> vedou <a>výrobce peptidů</a> k přechodu na industrializované platformy pro velkoobjemovou výrobu namísto práce s jednotlivými výrobními šaržemi.Rostoucí nároky na výrobní kapacitu se přímo promítají také do <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://www.organomation.com/">přípravy vzorků</a>: každý purifikační cyklus, každá HPLC frakce i každý koncentrační krok se musí škálovat společně s chemickým procesem. Koncentrátor, který během jednoho cyklu zpracuje více než dvojnásobný počet vzorků, jako je Refrigerated CentriVap, má proto pro laboratoře zabývající se syntézou nebo purifikací peptidů podstatně větší význam než před pěti lety.<h3>Teplotní rozsah: Jak nízko lze jít</h3>CentriVap dokáže chladit až na -10 °C, zatímco nejnižší teplota systému SRF110 je -4 °C. Oba přístroje umožňují ohřev až na +100 °C. Rozdíl šesti stupňů na spodní hranici teplotního rozsahu nemusí na první pohled působit významně, ale u peptidů a enzymů s vysokou citlivostí na teplo poskytuje nižší dosažitelná teplota obsluze větší rezervu pro ochranu vzorku. To může být důležité zejména při delších cyklech, během nichž se může účinek ochlazování při odpařování výrazněji projevit.<h3>Otáčky rotoru a mechanická flexibilita</h3>CentriVap umožňuje nastavit otáčky rotoru v rozsahu 500 až 1 800 ot./min, zatímco SRF110 dosahuje maximálně 1 725 ot./min. Větší význam má v tomto případě především nižší spodní hranice u systému CentriVap. Křehké, rozměrnější nebo na smykové namáhání citlivé vzorky, například intaktní proteiny nebo větší peptidové struktury, mohou vyžadovat nižší otáčky rotoru, aby se omezilo jejich mechanické namáhání. CentriVap tak nabízí širší možnosti nastavení nejen na horní, ale i na dolní hranici rozsahu.<h3>Materiál víka: Viditelnost vs. odolnost</h3>Chlazený CentriVap je vybaven skleněným víkem, které umožňuje během procesu sledovat obsah komory. SRF110 používá hliníkové víko s epoxidovým povlakem, které nabízí vyšší mechanickou odolnost, ale neumožňuje přímý pohled do komory.Pro laboratoře zpracovávající vizuálně odlišné série vzorků – například barevné pufry, vzorky z různých projektů nebo HPLC frakce odebírané v různých časových bodech – může mít možnost zkontrolovat obsah komory bez přerušení cyklu skutečný praktický význam. To platí zejména pro sdílená přístrojová pracoviště, kde jeden přístroj využívá více výzkumných skupin.<h3>Co to znamená pro sdílená přístrojová pracoviště</h3>Sdílená přístrojová pracoviště vnímají omezení z hlediska kapacity zpracování vzorků a práce při nízkých teplotách jinak než laboratoře jedné výzkumné skupiny. <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://blog.organomation.com/blog/an-appreciation-for-academic-core-labs">Pracoviště zpracovávající vzorky od více výzkumných skupin</a> – z nichž některé například provádějí rutinní čištění RNA, zatímco jiné zpracovávají tepelně labilní peptidové frakce po HPLC purifikaci – potřebuje přístroj, který nebude omezovat ani kapacitu zpracování, ani možnosti práce při nízkých teplotách.Kombinace vyšší kapacity na jeden cyklus a nižší dosažitelné teploty dává systému CentriVap větší flexibilitu při různorodém využití přístroje, aniž by všechny výzkumné skupiny musely používat stejně konzervativní nastavení, jaké by vyžadoval méně flexibilní systém.<h3>Podobné prostorové nároky</h3>Oba přístroje jsou rozměrově vhodné pro umístění v digestoři. CentriVap má rozměry 15,0 × 27,2 × 13,9 palce, zatímco SRF110 měří 16,62 × 25 × 13,75 palce. Rozdíly jsou natolik malé, že prostorové uspořádání laboratoře pravděpodobně nebude při výběru rozhodujícím faktorem. Na oba systémy se vztahuje standardní jednoletá záruka.<h3>Závěr</h3>Pro laboratoře, které ve větším měřítku koncentrují proteiny, RNA, enzymy nebo peptidové frakce – zejména pro pracoviště podílející se na vývoji peptidových léčiv, kde je výrobní kapacita již nyní hlavním omezením v celém odvětví – představuje Labconco Refrigerated CentriVap díky kombinaci vyšší kapacity zpracování vzorků, nižší minimální teploty a nižší ceny vhodnější volbu.SRF110 zůstává dobrou volbou pro laboratoře, které zpracovávají menší série vzorků a již standardně využívají modulární vakuový systém Thermo Fisher.Společnost Organomation distribuuje kompletní řadu Labconco CentriVap, včetně modelů Refrigerated a Refrigerated Pro. Kontaktujte náš tým na adrese <a href="mailto:sales@organomation.com">sales@organomation.com</a> a proberte s námi konfiguraci rotoru, výběr vhodné chladicí pasti a plánování kapacity zpracování vzorků pro vaši laboratoř.<blockquote><h5><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://explore.organomation.com/labconco-refrigerated-centrivap-vs-thermo-fisher-refrigerated-speedvac">Stáhněte si kompletní srovnání včetně cen!</a></h5></blockquote>

Chlazený SpeedVac SRF110 vs. CentriVap: Proč je kapacita zpracování vzorků pro laboratoře pracující s peptidy a proteiny důležitější než kdy dříve

Antibiotická rezistence patří mezi nejzávažnější zdravotní hrozby současnosti a její důsledky zasahují daleko za samotnou léčbu infekcí. Ovlivňuje možnosti chirurgie, transplantací, onkologické péče i léčby chronických onemocnění. Jednou z cest k novým účinným antibiotikům může být návrat k mimořádné chemické rozmanitosti přírodních látek – v kombinaci s moderní organickou syntézou. Právě tomuto tématu se na konferenci „<a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://labrulez.com/cs-cz/all/events/888">Antibiotická rezistence v ČR: Jak společně zastavit nezastavitelné</a>“ věnoval Mgr. Ondřej Kováč, Ph.D. z Univerzity Palackého v Olomouci.Přednáška „<a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://labrulez.com/cs-cz/all/paper/34060">Organická syntéza přírodních látek jako nástroj proti antibiotické rezistenci</a>“ zazněla v rámci bloku Přístupy a strategie v boji proti AMR a ukázala, proč zůstávají přírodní produkty jedním z nejvýznamnějších zdrojů inspirace pro vývoj nových antibiotik a jak může organická syntéza pomoci překonat omezení jejich přirozeného získávání.<blockquote>Konference CZEPAR 2026<ul><li>10. - 11. listopadu 2026</li><li>Hotel Clarion, České Budějovice</li></ul>👉<a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdfFVYYWFWCXmECSeAk2Gtwk019OLpqUSr5f4rdQBaBdqCt1g/viewform">Early bird registrace do 20. září</a><img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/CZEPAR_early_bird_registrace_998a197cd5.jpg" alt="CZEPAR: CZEPAR 2026 - Early bird registrace" srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_CZEPAR_early_bird_registrace_998a197cd5.jpg 245w," sizes="100vw" width="1920" height="1080"></blockquote><h4>Příroda jako zdroj antibiotik</h4>Historie antibiotik je s přírodními látkami úzce propojena. Mikroorganismy, jako jsou zástupci rodů Streptomyces, Kitasatospora či Penicillium, i další přírodní zdroje produkují strukturálně rozmanité molekuly s biologickou aktivitou.Přibližně 70–80 % antibiotik je přírodního původu. Do této skupiny nebo mezi látky inspirované přírodními produkty patří například peniciliny, aminoglykosidy, tetracykliny, makrolidy, glykopeptidy, cefalosporiny, linkosamidy, karbapenemy, lipopeptidy či pleuromutiliny.Příroda tak nabízí mimořádně bohatou „knihovnu“ chemických struktur, které mohou sloužit přímo jako antibiotika nebo jako výchozí bod pro vývoj nových molekul. Samotné objevení zajímavého přírodního produktu však ještě nemusí znamenat, že je možné jej jednoduše převést do dalšího vývoje.<h4>Když nestačí látku pouze izolovat</h4>Jedním z problémů přírodních produktů může být jejich omezená dostupnost. Příkladem může být platensimycin, inhibitor FabF, jehož izolace poskytovala pouze přibližně 1–2 mg látky z 10–20 litrů fermentační kultury.Právě zde získává zásadní význam organická syntéza. Tu můžeme přirovnat k tzv. „molekulárnímu puzzle“. Chemik rozloží komplexní strukturu na jednodušší části a následně hledá cestu, jak je efektivně spojit do výsledné molekuly.Tento přístup může řešit hned několik problémů. Umožňuje potvrdit strukturu přírodního produktu, připravit větší množství látky pro další biologické testování a především vytvářet její modifikované analogy. Právě změnou jednotlivých částí molekuly lze následně hledat varianty s vyšší antibakteriální aktivitou nebo jinými výhodnými vlastnostmi.<h4>Iboxamycin: od známé třídy antibiotik k nové molekule</h4>Význam syntetické modifikace přírodních struktur Ondřej Kováč demonstroval na příběhu iboxamycinu (<a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://www.nature.com/articles/s41586-021-04045-6">Nature 2021, 599, 507–512</a>)Výchozí inspiraci představovala linkosamidová antibiotika lincomycin a clindamycin. Prostřednictvím syntézy a cílených strukturních modifikací vznikl iboxamycin – molekula, která podle prezentovaných výsledků vykazovala aktivitu proti širokému spektru bakteriálních patogenů včetně zástupců skupiny ESKAPE.U iboxamycinu byly prezentovány také výsledky týkající se překonávání některých mechanismů rezistence, nového způsobu vazby a účinnosti v myších modelech. Ve srovnání s předchozími molekulami se zároveň podařilo rozšířit antibakteriální aktivitu i směrem ke gramnegativním bakteriím.Příklad iboxamycinu tak ukazuje, že chemická syntéza nemusí pouze reprodukovat molekulu vytvořenou přírodou. Může umožnit její zásadnější přetvoření a otevřít prostor k vlastnostem, které původní látka neměla.<h4>Od iboxamycinu k BT-33</h4>Vývoj přitom iboxamycinem neskončil. Dalším příkladem je molekula BT-33, připravená v roce 2025 (<a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40055575/">Nat. Chem. 2025, 17, 582–589</a> a <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/39394994/">J. Am. Chem. Soc. 2024, 146, 29135–29139</a>)BT-33 vznikla další syntetickou modifikací struktury iboxamycinu. Prezentovaná data ukazovala mimo jiné účinnost vůči řadě bakteriálních kmenů a zlepšení některých vlastností důležitých pro další vývoj.Mezi vyzdvižené charakteristiky patřilo potlačení rezistence, delší poločas rozpadu, výsledky v myších modelech a postup do preklinického hodnocení. Farmakokinetická data zároveň ukazovala delší poločas BT-33 ve srovnání s iboxamycinem.Vývoj od lincomycinu a clindamycinu přes iboxamycin až k BT-33 dobře ilustruje princip postupného zdokonalování biologicky aktivní molekuly pomocí syntetické chemie: přírodní struktura nebo struktura od ní odvozená poskytne základ, který lze dále systematicky modifikovat a testovat.<h4>Molekulární „pásová výroba“</h4>Vlastní přístup laboratoře Ondřeje Kováče je popsán jako „molekulární pásová výroba“. Myšlenkou je sestavovat složité molekuly z jednodušších stavebních bloků způsobem, který umožňuje nejen přípravu cílového přírodního produktu, ale také jeho následnou modifikaci.Taková strategie může zpřístupnit komplexní struktury, které jsou z přírodních zdrojů dostupné pouze v malém množství, a současně vytvořit prostor pro přípravu celé série analogů.Jako příklady přírodních látek souvisejících s tímto přístupem je uváděn například nocardiopsin D, vykazující aktivitu proti MRSA a VRSA, a simocyclinone D8, u něhož je uveden mechanismus účinku spojený s DNA gyrázou.Organická syntéza se tak stává nejen metodou pro přípravu známých molekul, ale také prostředkem pro systematické hledání nových biologicky aktivních struktur.<h4>Nová antibiotika nevzniknou v jediné laboratoři</h4>Organická syntéza dokáže vytvořit molekulu, připravit její analogy a cíleně měnit její strukturu a vlastnosti. Sama o sobě však nestačí. Aby bylo možné posoudit skutečný potenciál nové látky, musí se propojit s mikrobiologií, biologickým testováním, medicinální chemií, farmakologií a dalšími obory.Právě na tomto mezioborovém přístupu stojí také výzkum <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://kovaclab.com/">Kovac Lab</a>, který propojuje syntetickou organickou chemii, medicinální chemii a chemickou biologii. Významnou inspirací jsou přitom přírodní produkty – molekuly s mimořádně rozmanitými chemickými strukturami a biologickými účinky, které mohou představovat výchozí body pro objevování nových léčiv.Moderní organická syntéza umožňuje tyto komplexní molekuly nejen připravit, ale také navrhovat a vytvářet jejich analogy, optimalizovat jejich vlastnosti a hledat efektivnější cesty jejich syntézy. Propojení chemických a enzymatických přístupů pak dále rozšiřuje možnosti, jak se k biologicky aktivním látkám dostat a jak je využít jako potenciální vedoucí struktury při vývoji léčiv nebo jako nástroje ke studiu biologických procesů.V oblasti antibiotik se tak potkávají tři zásadní prvky: příroda jako zdroj inspirace, syntetická chemie jako nástroj pro tvorbu a optimalizaci molekul a biologické a antimikrobiální testování jako cesta k ověření jejich skutečného potenciálu.Právě jejich propojení může otevírat nové možnosti v době, kdy účinnost stávajících antibiotik stále více omezuje rostoucí rezistence. Příroda přitom nabízí obrovské množství chemických řešení, která ještě nemusíme znát nebo plně využívat – a moderní chemie nám dává nástroje, jak je objevovat, upravovat a postupně posouvat směrem k potenciálním novým antibiotikům.

Organická syntéza přírodních látek jako nástroj proti antibiotické rezistenci

Přednáška

Věda a výzkum

Video

Článek

Produkt

Je výzkumné centrum zaměřené na oblast živých věd, pokročilých materiálů a technologií.  Vznikl v roce 2011 na základech šesti významných brněnských univerzit a výzkumných institucí. Od doby jeho nedávného vzniku se daří budovat významné vědecké centrum, a již nyní se řadí mezi špičkové evropské instituce.

CEITEC

Cílem CZEPAR je vytvářet prostor pro diskusi, sdílení informací a mezioborovou spolupráci. Chceme přinášet vědomostní základnu pro státní správu při hledání regulatorního rámce, který umožní účinný boj proti šíření antibiotické rezistence ve společnosti.

CZEPAR - Česká platforma antibiotické rezistence

Společnost Organomation, založená v roce 1959, navrhuje a vyrábí vysoce kvalitní dusíkové koncentrátory a extrakční systémy. Jejich laboratorní přístroje, známé svou inovativností a odolností, se používají po celém světě pro efektivní přípravu vzorků a jsou doprovázeny silnou zákaznickou podporou.

Organomation

Altium Kvalifikační služby pro analytickou instrumentaci

Zajistěte svým přístrojům to nejlepší. Altium Vám nabízí poskytnutí Kvalifikačních služeb jako je Ověření výkonnosti, ACE kvalifikace, CLASSIC kvalifikace, Funkční verifikace.

<article><div><div><div><div><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://gcms.cz/companies/37">Altium International</a> a jako jeden z předních channel partnerů Agilent Technologies v globálním měřítku Vám nabízí kvantifikační služby<div id="block-hpst-content"><article><div><div><div><div><div><h3>Ověření výkonnosti</h3>Ověření výkonnosti systému&nbsp;(operační kvalifikace, Operation qualigication - OQ)&nbsp;je souhrn testů ověřujících jak výkonnost jednotlivých částí chromatografického systému, tak i daného systému jako celku provedením testovacích analýz za definovaných podmínek a následným vyhodnocením získaných výsledků. Pravidelné provádění ověření výkonnosti systému je jedním ze základních požadavků pro akreditované laboratoře pracující v systému správné laboratorní praxe (GLP). Podmínkou provedení OQ je zajištění odpovídajícího stavu daného systému provedením preventivní údržby.&nbsp;<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/HPST_Instrumentace_s_pridanou_hodnotou_silny_servisni_tym_pravidelna_skoleni_ff5522a72e/HPST-Instrumentace-s-pridanou-hodnotou-silny-servisni-tym-pravidelna-skoleni.png" alt="HPST: Instrumentace s přidanou hodnotou - silný servisní tým" srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_HPST_Instrumentace_s_pridanou_hodnotou_silny_servisni_tym_pravidelna_skoleni_ff5522a72e/thumbnail_HPST-Instrumentace-s-pridanou-hodnotou-silny-servisni-tym-pravidelna-skoleni.png 231w," sizes="100vw" width="1002" height="677"><h3>ACE kvalifikace</h3>Jako autorizovaný distributor provádíme&nbsp;Ověření výkonnosti systémů&nbsp;pomocí "Automated Compliance Engine" softwaru (tzv. ACE). Jedná se o software vyvinutý firmou <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/products/626">Agilent Technologies</a>, který je neustále aktualizován o nové standardy auditorských organizací (včetně FDA) a jednotlivých světových lékopisů (US Pharmacopeia, European&nbsp;Pharmacopeia a dalších). Zákazníky velmi oceňovanou předností ACE kvalifikace je možnost úpravy a přidávání dodatečných měřených hodnot (tzv. set points) a možnost rozšíření kvalifikace o nadstandardní testy. Ověření výkonnosti pomocí ACE nám umožňuje provádět i kvalifikace analytických systémů jiných výrobců než Agilent Technologies (např. WATERS, Shimadzu). Výsledkem ověření výkonnosti je ucelený report o provedených testech. Report může být v papírové i elektronické formě (elektronická forma umožňuje uchování i raw dat). Součástí kvalifikace je i vystavení certifikátu o provedených službách.Na stránkách&nbsp;<a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/products/626">Agilent Technologies</a>&nbsp;můžete najít další informace o ověření výkonnosti pomocí ACE včetně dokumentů s popisem testů pro jednotlivé typy instrumentace. (Nedoporučujeme o zasílání požadavků přes formulář na těchto stránkách. ALTIUM a Agilent nemají propojené databáze požadavků zákazníků a při přeposílání požadavků z Agilentu do ALTIA může dojít k časové prodlevě. Pokud máte zájem o další informace nebo si přejete kvalifikaci objednat, kontaktujte prosím ALTIUM servisní oddělení.)<h3>CLASSIC kvalifikace</h3>Některé systémy (např. Bioanalyzér, starší typy ICP) kvalifikujeme za použití dokumentace vyvinuté výrobcem.<h3>Funkční verifikace</h3>Akreditované laboratoře nefarmaceutického typu, které pracují podle ISO 17025 případně podobných akreditačních požadavků mohou využít naší nabídky funkční verifikace. Jedná se o provedení testů ověřujících základní parametry a funkčnost systémů. Tato služba je vhodná zejména pro potravinářské, environmentální a forenzní laboratoře.</div></div></div></div></div></article></div></div></div></div></div></article>

Agilent RapID Raman spektrometr

RapID je systém nové generace v oblasti přenosných Ramanovských přístrojů pro identifikaci vstupních surovin, který umožňuje rychlé analýzy nejen v průhledných obalech, ale rovněž v nádobách netransparentních a barevných.

Testování materiálů v neprůhledných obalech může být překážkou ve farmaceutické výrobě. Pak je třeba tyto obaly otevřít v dedikované místnosti pro vzorkování, navzorkovat, otestovat, znovu uzavřít otevřené obaly. Systém RapID využívá &quot;spatially offset&quot; uspořádání Ramanovy spektroskopie (SORS), což je unikátní technologie ideálně se hodící pro verifikaci vstupních surovin.
RapID dovoluje operátorovi ověřit složení vstupních surovin v každé neprůhledné a barevné nádobě během vtěřiny a umožňuje tak okamžité uvedení do výroby. Tento postup ušetří hodiny či dny oproti laboratornímu testování a zredukuje potřebný čas pro identifikaci na pouhé minuty.
<ul>
<li>Přenosný Ramanovský ID analyzátor pro neprůhledné a barevné barely, pytle či lahve</li>
<li>100% identifikace pro všechny příchozí nádoby</li>
<li>Rychlejší postup pro identifikaci</li>
<li>Redukce času, který operátor potřebuje pro zpracováná vzorku</li>
<li>Bez kontaminace - lepší pro kvalitu i pro expozici operátora</li>
<li>Vyhnete se vzorkování, zachováte sterilitu a zabraňuje křížové kontaminaci</li>
<li>Kompatibilita s většinou obalů API a pomocných látek - narozdíl od běžných Ramanovských přístrojů, RapID je kompatibilní i s vícevrstvými papírovými a plastovými pytli, neprůhlednými plastovými barely a tenkými jantarovými skleněnými lahvemi</li>
</ul>

Agilent TRS 100 Raman spektrometr

Přístroj TRS 100 umožňuje rychlé a snadné analýzy tablet a kapsulí v rámci farmaceutického QC testování. Snadnější implementace než u ostatních spektroskopických metod. 

Agilent využívá unikátní technologii Ramanovské transmisní spektroskopie, která dovoluje jednoduchý vývoj metody a využití pro QC aplikace. Systém TRS 100 může zredukovat čas testování obsahové stejnosměrnosti či identifikace na minuty pro jednotlivé série a šetří tak výrazně i náklady a zrychluje proces QC.
Systém TRS 100 využívá držáků vzorků, které mohou pojmout až 300 potahovaných tablet či intaktních kapsulí nebo desítky skleněných vialek či práškových vzorků. Není třeba předúprava vzorku ani spotřební materiál a rovněž není třeba vysoce zkušeného odborného personálu pro obsluhu.
<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/TRS_100_content_uniformity_testing_HPLC_agilent_zoom_f333d37685/TRS100-content-uniformity-testing-HPLC-agilent-zoom.jpg" alt="HPST: Alternativní pracovní postup a zvýšení efektivity při použití TRS 100 Raman spektrometru"/>
Analýza pevných vzorků: Systém TRS 100 může být využit pro kvantitativní měření polymorfního obsahu v intaktních tabletách, s limitem detekce 0,1-1% w/w, což je výrazně lepší limit než u techniky XRPD. TRS může být také využit pro analýzu reziduální krystalinity v amorfních API a tabletách.
<ul>
<li>Testování stovek tablet nebo kapsulí během pár minut</li>
<li>Pracuje s intaktními kapsulemi a potahovanými tabletami různé tloušťky</li>
<li>Bez předúpravy vzorku, &quot;mokré chemie&quot; a bez zkušeného personálu</li>
<li>Kvantifikace API a pomocných látek během jedné analýzy</li>
<li>Limit kvantifikace až 0,1 % w/w</li>
<li>Kvantifikace polymorfů v intaktních tabletách</li>
<li>Jednoduché kalibrační modely</li>
<li>Metody schváleny regulačními institucemi</li>
<li>Široká škála držáků a příslušenství pro nejrůznější vzorky - tablety, kapsule, kapaliny a prášky</li>
</ul>

Agilent Vaya Raman spektrometr

Přenosný Ramanův spektrometr Agilent Vaya zvýší propustnost ověřování identity vstupních surovin, aniž by stoupaly náklady, a to díky snížení potřeby vzorkování. 

Vaya nabízí nejlepší možnosti testování ve své třídě, od průhledných vialek až po hnědé papírové obaly, umožňuje měření přes transparentní i netransparentní obalové materiály, aby tak mohly být materiály v co nejrychlejším čase mohly být použity pro výrobu.
<h3>Vaya - přenosný Raman pro ověření totožnosti vstupních surovin</h3>
Agilent Vaya zlepší současné testovací postupy – od vzorkování malých objemů ke stoprocentnímu ověření identity – a pokud regulace bude v budoucnu vyžadovat více testování, bez problému přejdete k procesům s větší propustností, aniž byste museli rozšiřovat Vaše vybavení. Systém kombinuje běžného Ramana s unikátní „Spatially offset“ Ramanovskou spektroskopií (SORS) pro maximální kompatibilitu se širokou škálou obalových materiálů. Díky dedikovanému testovacímu postupu pro vstupní suroviny je Vaya rychlý, plně v souladu s regulací, snadný pro začlenění a také uživatelský snadný pomocník, který vyžaduje minimum zkušeností operátora.
<h3>VLASTNOSTI:</h3>
<ul>
<li>Snadné používání. Dedikovaný pracovní postup pro ověření identity vstupních surovin s jasným výsledkem analýzy „Pass/fail“ a intuitivní, snadný rychlý vývoj, a to s minimálním zaškolením.</li>
<li>Soulad s GMP. Identifikace vývoj metod s plným audit trailem, včetně souladu s 21 CFR part 11</li>
<li>Připraveno k začlenění. Kompatibilní s LIMS systémy, 2D čtečka čárových kódů pro rychlý příjem dat a Wi-Fi pro rychlou synchronizaci dat.</li>
</ul>
<h3>SPECIFIKACE:</h3>
<h5>Parametr / Hodnota</h5>
<ul>
<li>Rozměry: 127 x 60 X 257 mm (Š x V x D)</li>
<li>Technologie: SORS</li>
<li>Vlnová délka laseru: 830 nm</li>
<li>Výkon laseru: Nastavitelné až do 450 mW (třída 3B)</li>
<li>Napájení: 2 lithiové baterie (více než 4 hodiny výkonu)</li>
<li>Váha: 1,62 kg</li>
<li>Čtečka čarového kódu: Podpora většiny 1D a 3D čarových kódů</li>
<li>Připojení: Wi-Fi, ethernet</li>
<li>Certifikace a soulad: 21 CFR part 11, USP &lt;1120&gt; a EP 2.2:48, USP&lt;1225&gt;, USP &lt;1058&gt;</li>
<li>Zahrnuté příslušenství: 2 lithiové baterie, popruh přes ruku a přes rameno, adaptér pro lahve, držák na vialky, 5 vialek, !NIST-traceable“ zkušební test</li>
</ul>
<h3>JAK TO FUNGUJE?</h3>
<h5>Začlenění ve skladu:</h5>
Vaya je uzpůsoben práci v karanténním území. Systém automaticky přizpůsobí měřící režim obalu a surovinám – optimalizace Ramanovského signálu a měřícího času pro maximální testovací rychlost a efektivitu. Vaya dodává Pass/Fail odpověď během několika sekund, s jednoduchým začleněním skladových přijímacích protokolů přes LIMS systém a skenování čarových kódů.
<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/HPST_Zacleneni_Raman_Vaya_spektrometru_ve_skladu_29f087878f/HPST-Zacleneni-RamanVaya-spektrometru-ve-skladu.jpg" alt="HPST: Začlenění Raman Vaya spektrometru ve skladu"/>
<h5>Vývoj metod pro nové materiály:</h5>
Metody jsou vyvíjeny s pomocí intuitivního SW průvodce. Uživatel je proveden spektroskopickým vyhodnocením suroviny a obalu, vývojem metody a validací identifikační metody dle farmakopéy. Vlastnosti jako hodnocení metody či „spektrální poradce“ umožní uživateli vyvinout robustní a spolehlivou metodu.
<h5>Používání:</h5>
Vaya spektrometr je ovládán pomocí LCD displeje a mechanické klávesnice se skenerem čarových kódů pro rychlé a bezchybné načítání dat. Software přináší jasné a spolehlivé odpovědi díky dedikovanému pracovnímu postupu v souladu s 21 CFR part 11. Díky vestavěnému WiFi adaptéru je možné automatické propojení VAYA s korporátní sítí pro synchronizaci dat a zálohování databáze.

Produkty zaměřené na RAMAN Spektrometrie od Agilent Technologies - strana 1

Mohlo by Vás zajímat

Organická syntéza přírodních látek jako nástroj proti antibiotické rezistenci

Chlazený SpeedVac SRF110 vs. CentriVap: Proč je kapacita zpracování vzorků pro laboratoře pracující s peptidy a proteiny důležitější než kdy dříve

Co přitahuje molekuly? Nová generace nástroje z CEITEC zviditelňuje síly mezi atomy