ProtiFi S-Trap™ Turbo™ 96-well Mini Plate je vysokokapacitní 96jamková destička pro rychlou přípravu proteomických vzorků před LC-MS/MS. Je určena pro zpracování 10–250 µg celkového proteinu na jamku a zachovává hlavní výhody technologie S-Trap™ – zejména možnost účinné solubilizace proteinů pomocí SDS, odstranění kontaminantů a enzymatickou digesci přímo v matrici. Oproti standardnímu S-Trap™ formátu je však optimalizována pro menší eluční objemy, takže výsledné peptidy není nutné před LC-MS/MS dále koncentrovat.
S-Trap™ Turbo™ využívá polymerní materiál s více než 100× vyšší hustotou vazebných míst na povrchu oproti původnímu provedení. Vyšší účinnost zachycení umožňuje použít menší množství matrice a provést eluci v jediném nízkoobjemovém kroku. Celkové zpracování vzorku včetně digesce lze zkrátit z více než 5 hodin u standardního S-Trap™ workflow na přibližně 2,5 hodiny.
S-Trap™ Turbo™ technologie
Standardní S-Trap™ technologie zachycuje denaturované proteiny v porézní matrici a umožňuje odstranit SDS, soli, pufry a další látky nevhodné pro následnou hmotnostní spektrometrii. S-Trap™ Turbo™ tento princip dále optimalizuje použitím nového polymerního záchytného materiálu s výrazně vyšší hustotou vazebných míst.
Díky tomu lze:
- zachytit proteiny s menším množstvím matrice,
- snížit objem potřebný pro eluci,
- nahradit několik elučních kroků jednou nízkoobjemovou elucí,
- vynechat následnou lyofilizaci nebo SpeedVac koncentraci před LC-MS/MS,
- omezit počet manipulačních kroků,
- snížit potenciální ztráty peptidů,
- zvýšit propustnost celého workflow.
Výrobce uvádí, že zkrácené Turbo™ workflow poskytuje analytický výkon srovnatelný nebo lepší než standardní S-Trap™ formát.
Standardní workflow
- Solubilizace a denaturace proteinů pomocí SDS
- Případné zpracování DNA sonikací nebo nukleázou
- Redukce pomocí TCEP
- Alkylace pomocí MMTS
- Acidifikace na pH ≤1
- Přidání methanolového Binding/Wash Solution
- Přenesení vzorku do S-Trap™ Turbo™ 96-well Mini Plate
- Zachycení proteinů
- Promytí a odstranění kontaminantů
- Přidání proteázy
- Digesce 2 hodiny při 47 °C
- Jednokroková nízkoobjemová eluce
- Peptidy jsou připraveny pro následnou LC-MS/MS analýzu.
Technické specifikace
- Počet současně zpracovaných vzorků: až 96
- Množství celkového proteinu: 10–250 µg na jamku
- Kapacita jamky: přibližně 450 µL
- Standardní centrifugace: 2 000 × g / 2 min
- Alternativní průtok: vakuum nebo pozitivní tlak, pokud mají všechny jamky srovnatelný průtok
- Promývání: 200 µL Binding/Wash Solution, 3×
- Proteáza: dle aplikace, např. trypsin nebo Trypsin/Lys-C
- Poměr proteázy k proteinu: 1:10 až 1:100 (w/w)
- Objem digesčního roztoku: 30 µL
- Digesce: 2 h při 47 °C
- Eluce: 20 µL Digestion Solution
- Počet finálních elučních kroků: 1
- Následná koncentrace eluátu: není vyžadována
- Navazující analýza: LC-MS / LC-MS/MS
- Určení: Research Use Only – není určeno pro diagnostické postupy.
Reagencie používané v workflow
Protokol pracuje s následujícími roztoky:
- 2× roztok obsahující: 10% SDS, 100 mM TEAB
- Redukční činidlo: 120 mM TCEP
- Alkylační činidlo: 500 mM MMTS v IPA
- Okyselení: 55% kyselina fosforečná
- Promývací / vazebný roztok: 100 mM TEAB v 90% methanolu
- Roztok pro digesci: 50 mM TEAB, pH 8,0
- proteáza podle volby uživatele, např. trypsin nebo Trypsin/Lys-C
Tyto reagencie nejsou součástí samotného produktu S-Trap™ Turbo™ 96-well Mini Plate.
Dostupné varianty
- PN P003-96MNT-0001PL – 1× S-Trap™ Turbo™ 96-well Mini Plate
- PN P003-96MNT-0003PL – 3× S-Trap™ Turbo™ 96-well Mini Plate
- PN P003-96MNT-0010PL – 10× S-Trap™ Turbo™ 96-well Mini Plate
Typické aplikace
- High-throughput bottom-up proteomika
- Discovery proteomika
- Velké kohortové studie
- Komparativní proteomický screening
- Příprava vzorků před LC-MS/MS
- SDS-kompatibilní proteomická workflow
- Buněčné a tkáňové lyzáty
- Komplexní biologické vzorky
- Membránové a obtížně rozpustné proteiny
- Label-free proteomika
- TMT a další izobarické značení
- Automatizovaná 96jamková příprava vzorků
