ProtiFi S-Trap 96-well Mini Plate pro přípravu proteomických vzorků

ProtiFi S-Trap™ 96-well Mini Plate je 96jamková destička pro paralelní přípravu proteinových vzorků před LC-MS/MS proteomickou analýzou. Varianta Mini je určena pro zpracování 100–300 µg celkového proteinu na vzorek a využívá technologii S-Trap™ pro SDS-kompatibilní solubilizaci, redukci, alkylaci, zachycení proteinů, odstranění kontaminantů a enzymatickou digesci přímo v destičce. 

Princip technologie S-Trap™

Vzorek je nejprve solubilizován a denaturován v prostředí obsahujícím SDS. Po redukci a alkylaci následuje acidifikace na pH ≤1 a přidání methanolového Binding/Wash Solution.

Za těchto podmínek jsou denaturované proteiny zachyceny v S-Trap™ matrici, zatímco detergenty, soli, pufry a další interferující složky jsou odstraněny během promývání. Následně se přímo do jednotlivých jamek přidá proteáza a proteiny jsou štěpeny uvnitř matrice. Vzniklé peptidy se eluují do 96jamkové sběrné destičky pro další LC-MS/MS analýzu. 

Standardní workflow

1. Solubilizace a denaturace proteinů
2. Redukce
3. Alkylace
4. Acidifikace na pH ≤1
5. Přidání Binding/Wash Solution
6. Přenesení vzorku do S-Trap™ 96-well Mini Plate
7. Zachycení proteinů
8. Promytí a odstranění kontaminantů
9. Přidání trypsinu nebo Trypsin/Lys-C
10. Digesce přímo v destičce
11. Postupná eluce peptidů
12. Lyofilizace nebo zakoncentrování ve SpeedVac
13. Příprava pro LC-MS/MS

Technické specifikace

• Počet současně zpracovaných vzorků: až 96
• Množství celkového proteinu: 100–300 µg na vzorek / jamku
• Kapacita jamky: přibližně 450 µL
• Standardní centrifugace při zachycení proteinu: 2 000 × g / 2 min
• Promývání: 250 µL Binding/Wash Solution, 3×
• Objem digesčního roztoku s proteázou: 125 µL
• Poměr proteázy k proteinu: 1:10 až 1:100 (w/w)
• Digesce: 2 h při 47 °C
  • první hodina s proteázovým roztokem
  • následně přídavek 80 µL Digestion Solution a další 1 h inkubace
• První eluce: 80 µL Digestion Solution
• Druhá eluce: 80 µL Elution Solution
• Volitelná třetí eluce: 80 µL Elution Solution 2 pro hydrofobní peptidy
• Způsob průtoku: centrifugace; alternativně vakuum nebo pozitivní tlak
• Navazující analýza: LC-MS / LC-MS/MS
• Určení: Research Use Only – není určeno pro diagnostické postupy

Dostupné varianty

• PN P002-96MNI-0001PL – 1× S-Trap™ 96-well Mini Plate
• PN P002-96MNI-0003PL – 3× S-Trap™ 96-well Mini Plate
• PN P002-96MNI-0010PL – 10× S-Trap™ 96-well Mini Plate

Varianta s příslušenstvím

Pro kompletní manipulaci s destičkou je dostupná také varianta S-Trap™ 96-well Mini Plate with Accessory Pack, PN P002-96MNI-0001AP, která obsahuje:

• 1× S-Trap™ 96-well Mini Plate
• 1× 2,0mL 96jamkovou odpadní destičku
• 1× 1,0mL 96jamkovou sběrnou destičku
• 1× silikonovou podložku / uzávěr.

Samostatné S-Trap™ 96-well Mini Plates neobsahují reagencie pro celý workflow. ProtiFi nabízí rovněž S-Trap™ 96-well Mini Kit, který kromě destičky a příslušenství obsahuje připravené S-Trap™ roztoky.

Typické aplikace

• High-throughput bottom-up proteomika
• Shotgun proteomika
• Příprava vzorků před LC-MS/MS
• Automatizovaná proteomická workflow
• SDS-kompatibilní příprava proteinů
• Buněčné a tkáňové lyzáty
• Komplexní biologické vzorky
• Membránové a obtížně rozpustné proteiny
• Label-free proteomika
• TMT a další izobarické značení
• Vysokokapacitní screening proteomických vzorků