ProtiFi S-Trap™ Mini Spin Columns jsou centrifugační kolonky pro rychlou přípravu proteinových vzorků před LC-MS/MS proteomickou analýzou. Varianta Mini je určena pro vzorky obsahující 100–300 µg celkového proteinu a využívá patentovanou technologii S-Trap™, která kombinuje účinnou solubilizaci proteinů pomocí SDS, zachycení denaturovaných proteinů, odstranění látek interferujících s hmotnostní spektrometrií a enzymatické štěpení přímo v koloně.
Princip technologie S-Trap™
Technologie S-Trap™ umožňuje nejprve účinně solubilizovat proteiny v prostředí obsahujícím SDS. Po redukci a alkylaci se vzorek acidifikuje a smísí s methanolovým Binding/Wash Solution. Za těchto podmínek jsou denaturované proteiny zachyceny v porézní S-Trap™ matrici, zatímco kontaminující látky lze během následného promývání odstranit.
Po vyčištění se do kolony přidá proteáza. Proteiny jsou štěpeny přímo v matrici a vzniklé peptidy jsou následně eluovány pro navazující LC-MS/MS analýzu.
Standardní workflow
- Solubilizace a denaturace proteinů
- Redukce
- Alkylace
- Okyselení vzorku na pH ≤1
- Přidání promývacího roztoku s vysokým obsahem methanolu
- Zachycení proteinů v S-Trap™ Mini Spin Column
- Promytí a odstranění kontaminujících složek
- Přidání proteázy
- Digesce přímo v koloně
- Eluce peptidů
- Koncentrace eluátu a příprava pro LC-MS/MS
Technické specifikace
- Formát: centrifugační kolonka
- Určení: příprava proteomických vzorků
- Doporučené množství celkového proteinu: 100–300 µg
- Objem zásobníku: přibližně 600 µL
- Standardní centrifugace při zachycení proteinu: 10 000 × g / 30 s
- Maximální centrifugace v případě nedostatečného průtoku: až 15 000 × g
- Promývání: 400 µL Binding/Wash Solution, 10 000 × g / 30 s, opakováno 3×
- Objem digesčního roztoku: 125 µL
- Doporučený poměr proteázy k proteinu: 1:10 až 1:100 (w/w)
- Digesce podle aktuálního protokolu: 1–2 h při 47 °C
- Standardní první eluce: 80 µL Digestion Solution
- Druhá eluce: 80 µL Elution Solution
- Volitelná třetí eluce pro hydrofobní peptidy: 80 µL Elution Solution 2
- Průtok přes kolonu: centrifugace; volitelně vakuum nebo pozitivní tlak
- Navazující analýza: LC-MS / LC-MS/MS
- Určení: Research Use Only – není určeno pro diagnostické postupy
Reagencie používané v S-Trap™ postupu
Aktuální protokol Mini Spin Column uvádí následující typy roztoků:
- Solution 1 – Lysis Solution: SDS / TEAB
- Solution 2 – Reductant: TCEP
- Solution 3 – Alkylator: MMTS
- Solution 4 – Acidifier: kyselina fosforečná
- Solution 5 – Binding/Wash Solution: TEAB v methanolu
- Solution 6 – Digestion Solution: TEAB
- Solution 7 – Elution Solution: kyselina mravenčí ve vodě
- Solution 8 – Elution Solution 2: ACN / kyselina mravenčí, volitelně pro hydrofobní peptidy.
Tyto roztoky nejsou součástí produktu S-Trap™ Mini Spin Columns. ProtiFi nabízí samostatně S-Trap™ Mini Kit, který kombinuje kolonky s připravenými roztoky pro celý workflow.
Dostupné varianty
- PN C002-MINIX-0010PK – 10× S-Trap™ Mini Spin Column
- PN C002-MINIX-0040PK – 40× S-Trap™ Mini Spin Column
- PN C002-MINIX-0080PK – 80× S-Trap™ Mini Spin Column
