ProtiFi S-Trap™ Micro Spin Columns jsou centrifugační kolonky pro rychlou a reprodukovatelnou přípravu proteinových vzorků před LC-MS proteomickou analýzou. Patentovaná technologie S-Trap™ umožňuje používat při rozkladu a solubilizaci vzorků SDS a následně zachytit denaturované, nenaštěpené proteiny v porézní matrici kolony. Kontaminanty nekompatibilní s downstream MS analýzou jsou během promývání odstraněny a zachycené proteiny lze následně přímo v koloně enzymaticky štěpit.
Varianta Micro je určena pro vzorky obsahující 1–100 µg celkového proteinu. Workflow zahrnuje solubilizaci, redukci, alkylaci, zachycení proteinu, promytí, enzymatické štěpení a eluci peptidů připravených pro následnou LC-MS analýzu.
Princip technologie S-Trap™
Při standardním S-Trap™ postupu je proteinový vzorek nejprve solubilizován v prostředí obsahujícím SDS. Následná acidifikace na pH ≤1 a přidání vysokého podílu methanolu vedou k úplné denaturaci proteinů. Denaturované proteiny jsou následně zachyceny uvnitř pórů derivatizované S-Trap™ matrice prostřednictvím více slabých interakcí.
Během promývání jsou odstraněny látky, které mohou negativně ovlivnit LC-MS analýzu, například:
- SDS a další detergenty
- soli
- pufry
- PEG
- glycerol
- stabilizátory
- excipienty
- složky Laemmliho pufru
Po přidání proteázy jsou zachycené proteiny štěpeny přímo v porézní matrici. S-Trap™ podle výrobce nevykazuje afinitu k vzniklým peptidům, takže je lze po digesci eluovat pro další analýzu.
Standardní workflow
- Solubilizace a denaturace proteinu v SDS
- Redukce a alkylace
- Okyselení vzorku
- Přidání methanolového vazebného/promývacího roztoku
- Zachycení proteinu v S-Trap™ Micro Spin Column
- Promytí a odstranění kontaminantů
- Přidání proteázy
- Digesce v kolonce
- Eluce peptidů
- Příprava eluátu pro následnou LC-MS analýzu
Technické parametry
- Typ: centrifugační kolonka pro přípravu proteomických vzorků
- Doporučené množství celkového proteinu: 1–100 µg
- Maximální deklarovaná kapacita: ≤100 µg celkového proteinu
- Typická velikost zásobníku kolony: přibližně 275 µL
- Standardní centrifugace při zachycení a promývání: 10 000 × g
- V případě potřeby lze použít až 15 000 × g
- Doporučená digesce podle aktuálního protokolu: 2 h při 47 °C
- Kompatibilní proteázy: podle aplikace, např. trypsin nebo Trypsin/Lys-C
- Způsob průtoku:
- centrifugace
- vakuum, volitelně
- pozitivní tlak, volitelně
- Downstream technika: LC-MS / LC-MS/MS
- Určení: Research Use Only – není určeno pro diagnostické postupy
Dostupné varianty
- C002-MICRO-0010PK – 10× S-Trap™ Micro Spin Column
- C002-MICRO-0040PK – 40× S-Trap™ Micro Spin Column
- C002-MICRO-0080PK – 80× S-Trap™ Micro Spin Column
Co není součástí balení
Tato produktová varianta obsahuje pouze S-Trap™ Micro Spin Columns. Potřebné pufry, redukční a alkylační činidla, proteáza a další reagencie nejsou součástí balení. ProtiFi nabízí samostatně S-Trap™ Micro Kit, který kombinuje Micro Spin Columns s připravenými S-Trap™ roztoky.
