Charakterizace proteomu velkého rozsahu má často své meze v interpretaci dat a jejich revizi. Software Spectrum Mill provádí rychlou identifikaci proteinů a peptidů pomocí rychlého prohledávání databáze s použitím automatické či manuální validace shody a unikátních algoritmů, které minimalizují falešně pozitivní identifikace.
Také nabízí možnost "de-novo" interpretace spekter pro proteiny, jenž nejsou v databázi.
