Extending Capabilities of Real-Time Database Search on the Orbitrap Eclipse Tribrid Mass Spectrometer for Multiplexed Proteomics

Postery | 2020 | Thermo Fisher ScientificInstrumentace
LC/HRMS, LC/MS, LC/MS/MS, LC/Orbitrap
Zaměření
Proteomika
Výrobce
Thermo Fisher Scientific
Přejít do knihovnyZobrazit PDF

Význam tématu


Real-Time Search (RTS) na Orbitrap Eclipse umožňuje online vyhledávání peptidových spekter během akvizice, čímž výrazně zvyšuje efektivitu měření multiplexní kvantitativní proteomiky a zachovává vysokou přesnost kvantifikace.

Cíle a přehled studie


Hlavním cílem je zhodnotit nové funkce RTS-MS3 workflow pro TMT kvantifikaci: zavedení algoritmu Close-Out k omezení nadbytečných MS3 skenů a online odhad FDR pro cílenou aktivaci MS3 na základě reálných PSM-level FDR odhadů.

Použitá metodika a instrumentace


Vzorky a příprava
  • TMT 11plex kvasnicová standardní digest (500 ng, 250 ng/µl, 50 cm EASY-Spray, 50 min gradient)
  • TMTpro 16 plex lidské a E. coli peptidy ve směsných poměrech 0:1:2:4:8, 1 µg na injekci, 120 min gradient
Akvizice dat
  • Orbitrap Eclipse Tribrid mass spectrometer (ICSW 3.4)
  • Thermo Scientific Easy-nLC 1000 a Ultimate 3000 RSLC nano systémy
Analýza dat
  • Online hodnocení MS2 spekter pomocí Comet v reálném čase
  • Post-acquisition zpracování v Proteome Discoverer 2.5 s enginem Sequest HT

Hlavní výsledky a diskuse


Workflow RTS-MS3 ve srovnání se standardním SPS-MS3 zvýšil počet kvantifikovaných proteinů o 17 %, přičemž s funkcí Close-Out dosáhl až 26 % nárůstu. Filtr FDR přinesl navíc vyšší počet kvantifikovaných peptidů a spektr. Při zvýšení prahu signál/šum pro reporter ionty byla zachována vysoká přesnost (CV < 20 %). Režim RTS pro výběr TMT fragmentů pro SPS izolaci optimalizuje poměr interference versus signál.

Přínosy a praktické využití metody


  • Výrazné zrychlení a efektivita multiplexního proteomického workflow
  • Snížení počtu zbytečných MS3 skenů, úspora instrumentálního času
  • Vysoká přesnost, reproducibilita a hloubka kvantifikace

Budoucí trendy a možnosti využití


Další vývoj směřuje k adaptivním algoritmům řízení akvizice založeným na strojovém učení, dynamickému odhadu FDR v reálném čase, rozšíření na další izotopové značení a vylepšení uživatelského rozhraní pro online optimalizaci parametrů měření.

Závěr


Rozšířený RTS-MS3 na Orbitrap Eclipse významně zlepšuje efektivitu a kvalitu multiplexní TMT kvantifikace. Funkce Close-Out a FDR filtering optimalizují počet skenů a rozšiřují objem kvalitativních dat.

Obsah byl automaticky vytvořen z originálního PDF dokumentu pomocí AI a může obsahovat nepřesnosti.

PDF verze ke stažení a čtení
 

Podobná PDF

Real-Time Search enables a new gold standard for TMT quantitation accuracy on the Orbitrap Eclipse Tribrid mass spectrometer
Real-Time Search enables a new gold standard for TMT quantitation accuracy on the Orbitrap Eclipse Tribrid mass spectrometer
2020|Thermo Fisher Scientific|Aplikace
A Modified Orbitrap Tribrid Mass Spectrometer with Real Time Search and Advanced Spectral Processing Enhances Multiplexed Proteome Coverage and Quantification Accuracy
A Modified Orbitrap Tribrid Mass Spectrometer with Real Time Search and Advanced Spectral Processing Enhances Multiplexed Proteome Coverage and Quantification Accuracy
2019|Thermo Fisher Scientific|Postery
An Orbitrap Eclipse Tribrid Mass Spectrometer with Real-Time Search Enhances Multiplexed Proteome Coverage and Quantitation Accuracy
An Orbitrap Eclipse Tribrid Mass Spectrometer with Real-Time Search Enhances Multiplexed Proteome Coverage and Quantitation Accuracy
2019|Thermo Fisher Scientific|Postery
Ultra Sensitive LC-MS Workflow for Single Cell Proteomic Analysis
Ultra Sensitive LC-MS Workflow for Single Cell Proteomic Analysis
2019|Thermo Fisher Scientific|Prezentace