Utilizing the SELECT SERIES Cyclic IMS for High Throughput Plasma Proteomics

Význam tématu

Proteomika plazmy je klíčovým přístupem při hledání biomarkerů rakoviny prostaty. Velké kohorty pacientů vyžadují vysoce propustné a reprodukovatelné metody schopné detekovat proteiny v širokém dynamickém rozsahu.

Cíle a přehled studie / článku

Cílem bylo demonstrovat výkon vysokopropustné analytické chromatografie v kombinaci s iontovou mobilitou pro proteomické profilování plazmy od pacientů s různými stavy léčby rakoviny prostaty a zdravých kontrol.

Použitá metodika

Vzorky: osm fenotypových bazénů plazmy po tryptickém digestu, injekce 500 ng v triplikátu, randomizované pořadí
Chromatografie: gradient 5 až 35 % organické fáze za 15 minut při teplotě kolony 55 °C a průtoku 150 µl/min
MS akvizice: HDMSE režim, rozsah 50–2000 amu, integrační doba 0,15 s, referenční peptid Glu Fibrinopeptid B každých 120 s

Použitá instrumentace

• ACQUITY Premier I Class PLUS System
• Premier CSH kolona 1,7 µm 2,1×100 mm
• Select Series Cyclic IMS
• MassLynx software
• Progenesis QI for Proteomics
• Metaboanalyst

Hlavní výsledky a diskuse

Chromatografická stabilita prokázaná CV retence pod 0,2 % a CV intenzity do 13 % potvrzuje robustnost. Všechny skupiny poskytly kvantifikaci 369 proteinů, s celkovou identifikací 551 proteinů v dynamickém rozsahu pěti řádů. Nezávislá PCA analýza ukázala jasné oddělení fenotypů pacienta.

Přínosy a praktické využití metody

Metoda umožňuje analýzu stovek až tisíců vzorků s vysokou reprodukovatelností, citlivostí a zároveň dostatečnou průchodností pro klinické kohortní studie.

Budoucí trendy a možnosti využití

Očekává se další automatizace přípravy a analýzy vzorků, integrace s jinými omickými daty a aplikace v personalizované medicíně a klinické diagnostice biomarkerů.

Závěr

Platforma ACQUITY Premier spojená se Select Series Cyclic IMS poskytuje spolehlivou a výkonnou metodu pro vysoko propustné proteomické analýzy plazmy, vhodnou pro rozsáhlé klinické studie.

Reference

• Lennon A et al High Throughput Microbore Ultra high Performance Liquid Chromatography Ion Mobility Enabled Mass Spectrometry Based Proteomics Methodology for the Exploratory Analysis of Serum Samples from Large Cohort Studies J Proteome Res 2021 20 3 1705 1715
• Hughes C Gethings LA Plumb RS Qualitative and Quantitative Performance of Cyclic IMS in Nanoscale Proteomic Experiments Waters Application Note 720007381EN 2021