Agilent G3835AA MassHunter Mass Profiler Professional Software - Familiarization Guide

Význam tématu

V současné analytické chemii roste potřeba komplexní interpretace velkých objemů hromadných dat z hmotnostní spektrometrie. Agilent Mass Profiler Professional (MPP) nabízí integrované chemometrické nástroje pro diferenciální analýzu dat z GC/MS, LC/MS, CE/MS, ICP-MS a NMR, což usnadňuje odhalování vztahů mezi skupinami vzorků v oblastech metabolomiky, proteomiky, environmentální analýzy i průmyslové kontroly kvality.

Cíle a přehled studie

Familiarizační průvodce popisuje postup vytvoření nového projektu a experimentu v MPP, importu demonstrační sady „Malaria LCMS ESI+ pH 7“ a následujícího zpracování dat:

• Vytvoření projektu a experimentu s parametry (nezjištěné sloučeniny, Significance Testing & Fold Change).
• Import, seskupení a označení replikátů vzorků (infikované vs. neinfikované).
• Filtrování, zarovnání podle hmotnosti a retenční doby, normalizace a baselining.
• Statistická analýza významnosti a fold-change, identifikace ID Browserem.
• Uložení projektu pro sdílení nebo archivaci.

Použitá metodika a instrumentace

Průvodce využívá následující nástroje a kroky:

• Agilent MassHunter Workstation s modulem Mass Profiler Professional (MPP).
• MS Experiment Creation Wizard: zdroj dat (CEF soubory), definice parametrů (Infection), seskupení, filtrace signálu, zarovnání (ret. čas 0,15 min, hmotnost 5 ppm), normalizace a baselining k mediánu.
• Analysis: Significance Testing & Fold Change Wizard: filtr Flag, frekvence výskytu, QC, p-hodnota 0,05, fold change 2,0.
• ID Browser: konfigurace identifikačního algoritmu a přiřazení sloučenin podle hmotnosti a retenční doby.

Hlavní výsledky a diskuse

V demonstračním projektu bylo při analýze 8 vzorků zjištěno 474 entit přítomných ve všech vzorcích a 1283 tzv. one-hit wonders. Po aplikaci filtru Flag a filtru frekvence byly odstraněny nestabilní signály. Statistická analýza ukázala významné změny s p < 0,05 a fold change > 2,0. Pomocí ID Browseru se podařilo identifikovat klíčové metabolity odrážející infekční stav.

Přínosy a praktické využití metody

Metoda zjednodušuje a automatizuje diferenciální hmotnostní analýzu, spojuje předzpracování, statistiku, vizualizaci a identifikaci v jednom prostředí. Umožňuje rychlou vizualizaci profilů vzorků, snadné sdílení projektů (TAR export) a podporuje integrovanou analýzu metabolických drah.

Budoucí trendy a možnosti využití

Rozvoj platformy může zahrnovat cloudové zpracování dat, strojové učení pro automatickou anotaci, rozšířené online databáze sloučenin, multimodální integraci omických dat a real-time monitoring změn ve vzorcích.

Závěr

Agilent MPP představuje robustní a modulární řešení pro diferenciální analýzu MS dat, poskytuje ověřené workflow od importu po identifikaci a archivaci. Díky intuitivnímu GUI a široké škále statických a vizualizačních nástrojů usnadňuje práci v laboratořích zaměřených na metabolomiku, proteomiku i QA/QC.

Reference

• Keseler, I. M. et al. Nucleic Acids Research 39:D583-90 (2011).
• Caspi, R. et al. Nucleic Acids Research 40:D742-53 (2012).
• BioCyc Pathway/Genome Databases, Bioinformatics Research Group SRI International, http://www.biocyc.org/.