Po, 27.5.2024 | Originální článek z: Mass Spec Interpretation Services/James Little
V desáté části se podíváme na možné komplikace při práci AMDIS a způsoby, jak je překonat.Zpracování GCMS NIST dat v bezplatné softwarové laboratoři pro univerzity - Část 10: Komplikace při práci AMDIS a jak je překonat
- Foto: James Little: Free NIST Data Processing Software Lab for Universities - Part 10: AMDIS Difficulties and Ways to Overcome Them in Free Laboratory Resource for Universities.
- Video: James Little: Free NIST Data Processing Software Lab for Universities - Part 10: AMDIS Difficulties and Ways to Overcome Them in Free Laboratory Resource for Universities.
Tato série instruktážních videí vás seznámí s BEZPLATNÝMI zdroji pro laboratoře plynové chromatografie a hmotnostní spektrometrie (GC-MS) pro vysokoškolské studenty a absolventy nebo dokonce pokročilé středoškoláky. Lze ji také použít jako kurz samostudia. Ukazuje sílu dat elektronové ionizace (EI) MS získaných pomocí systémů GC-MS při charakterizaci směsí pomocí vyhledávání v počítačové knihovně.
Ke zpracování dat a vyhledávání v knihovně se používá software NIST MS Search a související programy. K zadávání struktur pro vyhledávání v programu NIST a k určení, zda jsou pozorované fragmenty v souladu s teoretickými fragmentačními mechanismy a izotopovými poměry získanými pomocí MS Interpreter, lze použít dva různé programy pro chemické kreslení.
Demonstrace zahrnuje:
Na pomoc učitelům i studentům jsou k dispozici videa, příručky a další zdroje. Díly 1-4 lze použít samostatně a vytvořit tak kompaktní softwarovou laboratoř obsahující ty nejpodstatnější části.
- Vyhledávání EI (elektronové ionizace) spekter pomocí vyhledávacího softwaru NIST.
- Zpracování datových souborů EI pomocí softwaru NIST/AMDIS.
- Kreslení chemických struktur pomocí kreslicích programů pro přenos do programu NIST.
- Vyhledávání v knihovnách formátu NIST podle struktury.
- Korelace strukturních fragmentů v hmotnostním spektru se substrukturou pomocí NIST/MS Interpreter.
- Vytváření uživatelských knihoven
Bezplatné zdroje zahrnují:
- Instruktážní videa a související příručky.
- Kopie softwaru pro vyhledávání v knihovnách NIST17
- Soubory s daty EI GC-MS dodané NIST pro zpracování pomocí AMDIS
- Další soubory EI GC-MS
- Dekonvoluční software pro zpracování datových souborů GC-MS v systému AMDIS
- NIST MS Interpreter pro pochopení a korelaci fragmentových iontů EI se substrukturami.
- Knihovna NIST obsahující 2 373 hmotnostních spekter EI
- Další referenční EI spektra v 5 volně dostupných knihovnách (58 456 spekter/34 939 struktur).
- program pro kreslení struktur ACD ChemSketch pro osobní a akademické použití.
- Program pro chemické kreslení Mass Spec Calculator, zdarma, bez omezení.
V desáté části se podíváme na:
Prezentaci k této části naleznete v knihovně LabRulezGCMS.
- Real world files sometimes cause problems with AMDIS
- Handling “Uncertain” Peaks in AMDIS
- Overcoming ”Over-Marked” chromatographic peaks
- Some additional files to demonstrate these AMDIS restrictions
- Types of files processed by AMDIS
- Other test files discussed
- Quantitative GCMS Laboratory at University of North Dakota Website
Další části této série jsou zaměřeny na:
- Část 1: Velmi základní teorie GCMS analýz
- Část 2: Instalace softwaru NIST
- Část 3 - Vyhledávání v knihovnách
- Část 4: Zpracování dat GCMS pomocí systému AMDIS
- Část 5: Porozumění EI fragmentaci pomocí MS Interpreteru
- Část 6: Vyhledávání struktur se vstupem z programu ChemSketch
- Část 7: Vytvoření uživatelské knihovny
- Část 8: Pokročilé zpracování pomocí softwaru NIST
- Část 9: 58 456 dalších referenčních spekter pro ukázkové vyhledávání v NIST
- Část 11: (Pokročilé) sledování složitých koelucí s AMDIS a vyhledáváním NIST
