Zpracování GCMS NIST dat v bezplatné softwarové laboratoři pro univerzity: Část 4 - Zpracování dat GCMS v AMDIS s pomocí bezplatného softwaru pro univerzity

Tato série instruktážních videí vás seznámí s BEZPLATNÝMI zdroji pro laboratoře plynové chromatografie a hmotnostní spektrometrie (GC-MS) pro vysokoškolské studenty a absolventy nebo dokonce pokročilé středoškoláky. Lze ji také použít jako kurz samostudia. Ukazuje sílu dat elektronové ionizace (EI) MS získaných pomocí systémů GC-MS při charakterizaci směsí pomocí vyhledávání v počítačové knihovně.

Ke zpracování dat a vyhledávání v knihovně se používá software NIST MS Search a související programy. K zadávání struktur pro vyhledávání v programu NIST a k určení, zda jsou pozorované fragmenty v souladu s teoretickými fragmentačními mechanismy a izotopovými poměry získanými pomocí MS Interpreter, lze použít dva různé programy pro chemické kreslení.

Demonstrace zahrnuje:

Na pomoc učitelům i studentům jsou k dispozici videa, příručky a další zdroje. Díly 1-4 lze použít samostatně a vytvořit tak kompaktní softwarovou laboratoř obsahující ty nejpodstatnější části.

• Vyhledávání EI (elektronové ionizace) spekter pomocí vyhledávacího softwaru NIST.
• Zpracování datových souborů EI pomocí softwaru NIST/AMDIS.
• Kreslení chemických struktur pomocí kreslicích programů pro přenos do programu NIST.
• Vyhledávání v knihovnách formátu NIST podle struktury.
• Korelace strukturních fragmentů v hmotnostním spektru se substrukturou pomocí NIST/MS Interpreter.
• Vytváření uživatelských knihoven

Bezplatné zdroje zahrnují:

• Instruktážní videa a související příručky.
• Kopie softwaru pro vyhledávání v knihovnách NIST17
• Soubory s daty EI GC-MS dodané NIST pro zpracování pomocí AMDIS
• Další soubory EI GC-MS
• Dekonvoluční software pro zpracování datových souborů GC-MS v systému AMDIS
• NIST MS Interpreter pro pochopení a korelaci fragmentových iontů EI se substrukturami.
• Knihovna NIST obsahující 2 373 hmotnostních spekter EI
• Další referenční EI spektra v 5 volně dostupných knihovnách (58 456 spekter/34 939 struktur).
• program pro kreslení struktur ACD ChemSketch pro osobní a akademické použití.
• Program pro chemické kreslení Mass Spec Calculator, zdarma, bez omezení.

Ve čtvrté části se podíváme na:

Prezentaci k této části naleznete v knihovně LabRulezGCMS.

• Modified Basic Instructions for Using AMDIS with MS Search
• What is AMDIS?
• AMDIS Essentials”
• Opening File with AMDIS
• Deconvoluting Spectra
• Evaluating Deconvoluted Results
• Sending Deconvoluted Spectra to NIST Search Program
• Returning to AMDIS Window after NIST Search
• Uncertain Peaks, Dashed Lines, in Deconvoluted Spectrum
• Avoiding Uncertain Peaks in a Spectrum
• Plotting Single (or Extracted) Ion or (Mass) Chromatograms
• Expanding Chromatograms or Plotting in Log Scale to See Small Peaks
• Manually Processing File in AMDIS
• Adjusting Parameters for Optimized Peak Detection
• Minimizing Marking Components in Chromatogram
• Minimizing Number of Components Detected
• Problem: No Chromatogram/Spectrum Window!

Další části této série jsou zaměřeny na:

• Část 1: Velmi základní teorie GCMS analýz
• Část 2: Instalace softwaru NIST
• Část 3 - Vyhledávání v knihovnách EI MS
• Část 5: Porozumění EI fragmentaci pomocí MS Interpreteru
• Část 6: Vyhledávání struktur se vstupem z programu ChemSketch
• Část 7: Vytvoření uživatelské knihovny
• Část 8: Pokročilé zpracování pomocí softwaru NIST
• Část 9: 58 456 dalších referenčních spekter pro ukázkové vyhledávání v NIST
• Část 10: Komplikace při práci AMDIS a jak je překonat
• Část 11: (Pokročilé) sledování složitých koelucí s AMDIS a vyhledáváním NIST