To, zda léčivo dokáže účinně zasáhnout svůj cílový protein nebo jak spolu jednotlivé části viru či buňky interagují, závisí na dějích odehrávajících se na úrovni jednotlivých molekul. Jejich chování přitom neurčuje jen tvar, ale také elektrostatické síly, které mezi nimi působí. Porozumět jejich rozložení proto vědcům pomáhá lépe pochopit, proč se určité molekuly přitahují, jak se k sobě vážou a jak spolu vzájemně interagují.Právě k tomu slouží <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://acc.biodata.ceitec.cz/">Atomic Charge Calculator (ACC)</a>, výpočetní nástroj, který vědci z&nbsp;Masarykovy univerzity rozvíjejí už více než deset let. Jeho třetí, dosud nejpokročilejší generace vznikla na CEITEC Masarykovy univerzity a Přírodovědecké fakultě Masarykovy univerzity ve spolupráci s Fakultou informatiky MU a Univerzitou Palackého v Olomouci.ACC III umožňuje počítat elektrické náboje jednotlivých atomů a zobrazit jejich rozložení přímo v trojrozměrné struktuře molekul. V jediném prostředí nabízí dvacet různých výpočetních metod a dokáže pracovat s širokým spektrem molekul – od malých organických látek až po proteiny a další velké biomolekulární struktury.Výhodou Atomic Charge Calculator III je spojení širokého spektra výpočetních metod s jednoduchou dostupností: základní výpočty lze provádět přímo prostřednictvím webového prohlížeče, bez instalace specializovaného softwaru a bez registrace. Výsledné náboje lze rovnou zobrazit na 3D modelu molekuly. Pro pokročilé uživatele a rozsáhlé analýzy platforma zároveň nabízí automatizované zpracování dat a možnost provozovat výpočetní jádro lokálně.<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/CEITEC_Co_pritahuje_molekuly_Nova_generace_nastroje_z_CEITEC_zviditelnuje_sily_mezi_atomy_d32d7bd2cd.jpg" alt="CEITEC/Biological Data Management and Analysis Core Facility: Co přitahuje molekuly? Nová generace nástroje z CEITEC zviditelňuje síly mezi atomy: Oseltamivir navázaný na neuraminidázu viru chřipky (modře: kladné parciální náboje, červeně: záporné náboje). Mezi záporně nabitou oblastí léčiva a kladně nabitými oblastmi proteinu dochází k silné elektrostatické interakci." srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_CEITEC_Co_pritahuje_molekuly_Nova_generace_nastroje_z_CEITEC_zviditelnuje_sily_mezi_atomy_d32d7bd2cd.jpg 140w," sizes="100vw" width="1600" height="1786"><h3>Proč vědce zajímají elektrické náboje atomů</h3>Elektrony nejsou v molekulách rozloženy rovnoměrně. Jednotlivé atomy proto mohou nést různě velký částečný – neboli parciální – elektrický náboj. A právě ten do značné míry ovlivňuje, jak se molekuly budou chovat vůči svému okolí i vůči sobě navzájem.Kladně a záporně nabité části molekul se mohou přitahovat, zatímco stejně nabité části se odpuzují. Rozložení nábojů tak pomáhá určovat, které molekuly se k sobě přiblíží, jakým způsobem se vůči sobě natočí nebo jak pevně se mohou navázat. V biologii je to důležité například při rozpoznávání mezi molekulami nebo při vazbě léčiva na cílový protein. Znalost parciálních nábojů proto vědcům pomáhá lépe porozumět interakcím, které stojí za fungováním mnoha molekulárních systémů.Neexistuje přitom jediný univerzální způsob, jak parciální náboje určit. Různé výpočetní metody mohou vést k odlišným hodnotám a jejich volba závisí také na tom, k čemu chce vědec výsledky použít. Přesné kvantově-chemické výpočty navíc mohou být u velkého množství struktur velmi náročné. ACC III proto sdružuje empirické metody, které umožňují výpočty provádět rychleji a ve velkém měřítku. „ACC III jsme od začátku navrhovali tak, aby byl výpočet parciálních atomových nábojů co nejjednodušší. Uživatel nemusí nic instalovat ani složitě nastavovat – stačí nahrát molekulu a jedním kliknutím spustit výpočet. Aplikace přitom sama nabídne vhodné metody z celkem dvaceti dostupných, přičemž zvládá malé molekuly i rozsáhlé biomolekulární struktury,“ říká <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://www.ceitec.cz/rndr-tomas-racek-ph-d/u94476?page=publication">Tomáš Raček</a>, který ACC vyvíjí a spravuje od roku 2018.<h3>Jak se protivirový lék váže k proteinu chřipkového viru</h3>Co lze z rozložení nábojů vyčíst, ukazují autoři na známém antivirotiku oseltamivir, prodávaném pod obchodním názvem Tamiflu. Lék se váže na neuraminidázu, protein viru chřipky typu A. Pomocí ACC III lze přímo v trojrozměrné struktuře zobrazit, kde se nacházejí kladné a záporné parciální náboje a jak se podílejí na interakci léčiva s proteinem.„Na příkladu oseltamiviru je dobře vidět, proč je užitečné náboje nejen vypočítat, ale také je zobrazit přímo ve struktuře. Můžeme tak sledovat, které části obou molekul spolu elektrostaticky interagují. Stejným způsobem lze zkoumat mnoho dalších molekulárních systémů,“ vysvětluje Tomáš Raček.ACC III přitom není určen pouze pro malé molekuly. Dokáže pracovat také s proteiny a dalšími velkými biomolekulárními strukturami. Druhým příkladem, na kterém autoři jeho možnosti demonstrují, je pórový komplex SARS-CoV-2. Koronaviry tyto póry vytvářejí během množení v infikovaných buňkách a využívají je k transportu virové RNA přes membrány. Vizualizace parciálních nábojů zde pomáhá rozlišit části komplexu procházející nepolárním prostředím membrány od jeho nabitějších oblastí.<h3>Od výpočtu rovnou k trojrozměrnému modelu</h3>Nová generace Atomic Charge Calculatoru přináší také modernější způsob vizualizace. Využívá nástroj Mol*, který umožňuje vypočtené náboje zobrazit přímo na trojrozměrné struktuře a interaktivně ji prohlížet. Právě vizualizace vytvořená pomocí ACC III se dostala také na obálku speciálního čísla časopisu Nucleic Acids Research věnovaného webovým výzkumným nástrojům. Autorem titulního obrázku, který zachycuje rozložení parciálních nábojů v membránovém proteinovém systému, je Tomáš Raček.<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/CEITEC_Co_pritahuje_molekuly_Nova_generace_nastroje_z_CEITEC_zviditelnuje_sily_mezi_atomy_3_85cc310925.jpeg" alt="CEITEC/Oxford University Press: Co přitahuje molekuly_Nová generace nástroje z CEITEC zviditelňuje síly mezi atomy: Obálka speciálního čísla časopisu Nucleic Acids Research." srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_CEITEC_Co_pritahuje_molekuly_Nova_generace_nastroje_z_CEITEC_zviditelnuje_sily_mezi_atomy_3_85cc310925.jpeg 124w," sizes="100vw" width="1600" height="2011">Výsledky lze stáhnout v několika standardních formátech a nově také ukládat přímo ve formátu mmCIF, který se běžně používá pro ukládání trojrozměrných struktur biomolekul. Informace o struktuře a vypočtených nábojích tak mohou zůstat společně v jednom souboru a být dále využívány jinými nástroji.Pro zpracování velkého množství struktur je k dispozici také programové rozhraní API a výpočetní jádro, které lze provozovat lokálně. ACC III tak může sloužit jak pro jednotlivé výpočty prostřednictvím webového rozhraní, tak jako součást rozsáhlejších automatizovaných analýz.<h3>Více než deset let vývoje</h3>První Atomic Charge Calculator vědci představili v roce 2015, druhá generace následovala v roce 2020. Tým mezitím vytvořil také specializované nástroje PDBCharges pro struktury z Protein Data Bank a AlphaCharges pro struktury z databáze AlphaFold. „Atomic Charge Calculator nevznikl jako jednorázový projekt,“ uvádí <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://www.ceitec.cz/prof-rndr-radka-svobodova-ph-d/u17518?page=publication">Radka Svobodová</a>, vedoucí sdílené laboratoře Správa a analýza biologických dat na CEITEC MUNI. „Více než deset let postupně rozvíjíme nástroje, které reagují na nové možnosti strukturní bioinformatiky i na potřeby jejich uživatelů. Třetí generace propojuje jednoduché webové použití s možnostmi, které jsou důležité pro automatizované zpracování velkého množství molekulárních struktur,“ dodává.<blockquote>Atomic Charge Calculator III je volně dostupný prostřednictvím webového rozhraní a pro základní použití nevyžaduje registraci. Jeho vývoj podpořila výzkumná infrastruktura ELIXIR CZ.</blockquote><h5>Novou generaci nástroje představili jeho autoři v časopise <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://academic.oup.com/nar/article/54/W1/W211/8662890">Nucleic Acids Research</a>.</h5>

 Co přitahuje molekuly? Nová generace nástroje z CEITEC zviditelňuje síly mezi atomy 

Ne každé zakoncentrování vzorku lze provádět za zvýšené teploty – a ne každý koncentrátor, který si dobře poradí s ohřevem, dokáže stejně dobře pracovat i při nízkých teplotách. <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://labrulez.com/cs-cz/all/products/2441">Chlazené odstředivé vakuové koncentrátory</a> mají své opodstatnění: proteiny, RNA, enzymy a syntetické peptidy mohou při tepelném namáhání rychle degradovat a běžné koncentrátory spoléhající pouze na ohřev mohou narušit integritu vzorku ještě před dokončením odpařování. Porovnali jsme dva přední chlazené systémy – Labconco Refrigerated CentriVap a <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://labrulez.com/cs-cz/all/products/2611">Thermo Fisher Refrigerated SpeedVac SRF110</a> –, abychom zjistili, jak si vedou v laboratořích, kde je zachování integrity vzorků zásadní.<blockquote><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://explore.organomation.com/labconco-refrigerated-centrivap-vs-thermo-fisher-refrigerated-speedvac">Stáhněte si kompletní srovnání včetně cen!</a></blockquote><h3>Jaký problém chlazení skutečně řeší</h3>Jedna podstatná skutečnost se při srovnávání technických specifikací často přehlíží: při provozu <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://labrulez.com/cs-cz/lcms/products?manufacturerItems=540&amp;search=centrivap">vakuového koncentrátoru</a> bez regulace teploty se může vzorek nadměrně ochladit. Při odpařování rozpouštědla za vakua se ze vzorku odebírá latentní teplo – jde o stejný princip ochlazování při odpařování, díky němuž odpařující se pot působí chladivě. U tepelně stabilního rozpouštědla to není podstatné. U biomolekul citlivých na teplotu však může teplota vzorku klesnout natolik, že během procesu hrozí nežádoucí zamrznutí nebo sublimace.Technická dokumentace společnosti Labconco k chlazenému systému CentriVap tento princip popisuje přímo: přístroj kombinuje chladicí systém s ohřevem, takže obsluha může udržovat přesně nastavenou teplotu a zabránit sublimaci vzorků způsobené ochlazováním při odpařování. Právě proto tato kategorie přístrojů existuje a je dobré tomu porozumět ještě před porovnáváním jednotlivých technických parametrů.<h3>Cena: Výraznější rozdíl v nejvyšší cenové kategorii</h3>Cena přístroje Labconco Refrigerated CentriVap se obvykle pohybuje kolem 13 000 USD. Thermo Fisher SRF110 je dražší, jeho cena se zpravidla pohybuje mezi 15 000 a 17 000 USD, a to ještě před započtením jednotlivých součástí modulární sestavy. Do celkové ceny je totiž třeba zahrnout také samostatný vakuový systém, rotor, lapač par a teplonosnou kapalinu.Cenový rozdíl mezi těmito dvěma chlazenými systémy je výraznější než u jejich nechlazených protějšků, které jsme porovnávali dříve. V této cenové kategorii tak ještě více vyniká cenová výhodnost systému CentriVap.<h3>Kapacita: Rozdíl, na kterém teď záleží nejvíce</h3>Právě zde se oba systémy liší nejvýrazněji – a tento rozdíl zároveň odpovídá směru, kterým se vyvíjejí požadavky laboratoří. Chlazený CentriVap dokáže zpracovat až 312 vzorků v jednom cyklu, zatímco SRF110 maximálně 132. Oba systémy pracují s objemy až 50 ml, takže na rozdíl od našeho předchozího srovnání zde nejde o kompromis z hlediska objemu vzorku. CentriVap má jednoduše výraznou výhodu v počtu vzorků zpracovaných během jednoho cyklu.Tento rozdíl je důležitý, protože <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://peptidestaff.com/industry-trends/peptide-therapy-market-forecast-2026/">léčiva na bázi peptidů</a> se stala jednou z nejrychleji rostoucích skupin léčiv ve farmaceutickém průmyslu a za hlavní překážku dalšího rozvoje tohoto odvětví je často označována výrobní kapacita, nikoli poptávka. Zejména <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://labrulez.com/cs-cz/all/article/7540">programy GLP-1</a> vedou <a>výrobce peptidů</a> k přechodu na industrializované platformy pro velkoobjemovou výrobu namísto práce s jednotlivými výrobními šaržemi.Rostoucí nároky na výrobní kapacitu se přímo promítají také do <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://www.organomation.com/">přípravy vzorků</a>: každý purifikační cyklus, každá HPLC frakce i každý koncentrační krok se musí škálovat společně s chemickým procesem. Koncentrátor, který během jednoho cyklu zpracuje více než dvojnásobný počet vzorků, jako je Refrigerated CentriVap, má proto pro laboratoře zabývající se syntézou nebo purifikací peptidů podstatně větší význam než před pěti lety.<h3>Teplotní rozsah: Jak nízko lze jít</h3>CentriVap dokáže chladit až na -10 °C, zatímco nejnižší teplota systému SRF110 je -4 °C. Oba přístroje umožňují ohřev až na +100 °C. Rozdíl šesti stupňů na spodní hranici teplotního rozsahu nemusí na první pohled působit významně, ale u peptidů a enzymů s vysokou citlivostí na teplo poskytuje nižší dosažitelná teplota obsluze větší rezervu pro ochranu vzorku. To může být důležité zejména při delších cyklech, během nichž se může účinek ochlazování při odpařování výrazněji projevit.<h3>Otáčky rotoru a mechanická flexibilita</h3>CentriVap umožňuje nastavit otáčky rotoru v rozsahu 500 až 1 800 ot./min, zatímco SRF110 dosahuje maximálně 1 725 ot./min. Větší význam má v tomto případě především nižší spodní hranice u systému CentriVap. Křehké, rozměrnější nebo na smykové namáhání citlivé vzorky, například intaktní proteiny nebo větší peptidové struktury, mohou vyžadovat nižší otáčky rotoru, aby se omezilo jejich mechanické namáhání. CentriVap tak nabízí širší možnosti nastavení nejen na horní, ale i na dolní hranici rozsahu.<h3>Materiál víka: Viditelnost vs. odolnost</h3>Chlazený CentriVap je vybaven skleněným víkem, které umožňuje během procesu sledovat obsah komory. SRF110 používá hliníkové víko s epoxidovým povlakem, které nabízí vyšší mechanickou odolnost, ale neumožňuje přímý pohled do komory.Pro laboratoře zpracovávající vizuálně odlišné série vzorků – například barevné pufry, vzorky z různých projektů nebo HPLC frakce odebírané v různých časových bodech – může mít možnost zkontrolovat obsah komory bez přerušení cyklu skutečný praktický význam. To platí zejména pro sdílená přístrojová pracoviště, kde jeden přístroj využívá více výzkumných skupin.<h3>Co to znamená pro sdílená přístrojová pracoviště</h3>Sdílená přístrojová pracoviště vnímají omezení z hlediska kapacity zpracování vzorků a práce při nízkých teplotách jinak než laboratoře jedné výzkumné skupiny. <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://blog.organomation.com/blog/an-appreciation-for-academic-core-labs">Pracoviště zpracovávající vzorky od více výzkumných skupin</a> – z nichž některé například provádějí rutinní čištění RNA, zatímco jiné zpracovávají tepelně labilní peptidové frakce po HPLC purifikaci – potřebuje přístroj, který nebude omezovat ani kapacitu zpracování, ani možnosti práce při nízkých teplotách.Kombinace vyšší kapacity na jeden cyklus a nižší dosažitelné teploty dává systému CentriVap větší flexibilitu při různorodém využití přístroje, aniž by všechny výzkumné skupiny musely používat stejně konzervativní nastavení, jaké by vyžadoval méně flexibilní systém.<h3>Podobné prostorové nároky</h3>Oba přístroje jsou rozměrově vhodné pro umístění v digestoři. CentriVap má rozměry 15,0 × 27,2 × 13,9 palce, zatímco SRF110 měří 16,62 × 25 × 13,75 palce. Rozdíly jsou natolik malé, že prostorové uspořádání laboratoře pravděpodobně nebude při výběru rozhodujícím faktorem. Na oba systémy se vztahuje standardní jednoletá záruka.<h3>Závěr</h3>Pro laboratoře, které ve větším měřítku koncentrují proteiny, RNA, enzymy nebo peptidové frakce – zejména pro pracoviště podílející se na vývoji peptidových léčiv, kde je výrobní kapacita již nyní hlavním omezením v celém odvětví – představuje Labconco Refrigerated CentriVap díky kombinaci vyšší kapacity zpracování vzorků, nižší minimální teploty a nižší ceny vhodnější volbu.SRF110 zůstává dobrou volbou pro laboratoře, které zpracovávají menší série vzorků a již standardně využívají modulární vakuový systém Thermo Fisher.Společnost Organomation distribuuje kompletní řadu Labconco CentriVap, včetně modelů Refrigerated a Refrigerated Pro. Kontaktujte náš tým na adrese <a href="mailto:sales@organomation.com">sales@organomation.com</a> a proberte s námi konfiguraci rotoru, výběr vhodné chladicí pasti a plánování kapacity zpracování vzorků pro vaši laboratoř.<blockquote><h5><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://explore.organomation.com/labconco-refrigerated-centrivap-vs-thermo-fisher-refrigerated-speedvac">Stáhněte si kompletní srovnání včetně cen!</a></h5></blockquote>

Chlazený SpeedVac SRF110 vs. CentriVap: Proč je kapacita zpracování vzorků pro laboratoře pracující s peptidy a proteiny důležitější než kdy dříve

Antibiotická rezistence patří mezi nejzávažnější zdravotní hrozby současnosti a její důsledky zasahují daleko za samotnou léčbu infekcí. Ovlivňuje možnosti chirurgie, transplantací, onkologické péče i léčby chronických onemocnění. Jednou z cest k novým účinným antibiotikům může být návrat k mimořádné chemické rozmanitosti přírodních látek – v kombinaci s moderní organickou syntézou. Právě tomuto tématu se na konferenci „<a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://labrulez.com/cs-cz/all/events/888">Antibiotická rezistence v ČR: Jak společně zastavit nezastavitelné</a>“ věnoval Mgr. Ondřej Kováč, Ph.D. z Univerzity Palackého v Olomouci.Přednáška „<a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://labrulez.com/cs-cz/all/paper/34060">Organická syntéza přírodních látek jako nástroj proti antibiotické rezistenci</a>“ zazněla v rámci bloku Přístupy a strategie v boji proti AMR a ukázala, proč zůstávají přírodní produkty jedním z nejvýznamnějších zdrojů inspirace pro vývoj nových antibiotik a jak může organická syntéza pomoci překonat omezení jejich přirozeného získávání.<blockquote>Konference CZEPAR 2026<ul><li>10. - 11. listopadu 2026</li><li>Hotel Clarion, České Budějovice</li></ul>👉<a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdfFVYYWFWCXmECSeAk2Gtwk019OLpqUSr5f4rdQBaBdqCt1g/viewform">Early bird registrace do 20. září</a><img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/CZEPAR_early_bird_registrace_998a197cd5.jpg" alt="CZEPAR: CZEPAR 2026 - Early bird registrace" srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_CZEPAR_early_bird_registrace_998a197cd5.jpg 245w," sizes="100vw" width="1920" height="1080"></blockquote><h4>Příroda jako zdroj antibiotik</h4>Historie antibiotik je s přírodními látkami úzce propojena. Mikroorganismy, jako jsou zástupci rodů Streptomyces, Kitasatospora či Penicillium, i další přírodní zdroje produkují strukturálně rozmanité molekuly s biologickou aktivitou.Přibližně 70–80 % antibiotik je přírodního původu. Do této skupiny nebo mezi látky inspirované přírodními produkty patří například peniciliny, aminoglykosidy, tetracykliny, makrolidy, glykopeptidy, cefalosporiny, linkosamidy, karbapenemy, lipopeptidy či pleuromutiliny.Příroda tak nabízí mimořádně bohatou „knihovnu“ chemických struktur, které mohou sloužit přímo jako antibiotika nebo jako výchozí bod pro vývoj nových molekul. Samotné objevení zajímavého přírodního produktu však ještě nemusí znamenat, že je možné jej jednoduše převést do dalšího vývoje.<h4>Když nestačí látku pouze izolovat</h4>Jedním z problémů přírodních produktů může být jejich omezená dostupnost. Příkladem může být platensimycin, inhibitor FabF, jehož izolace poskytovala pouze přibližně 1–2 mg látky z 10–20 litrů fermentační kultury.Právě zde získává zásadní význam organická syntéza. Tu můžeme přirovnat k tzv. „molekulárnímu puzzle“. Chemik rozloží komplexní strukturu na jednodušší části a následně hledá cestu, jak je efektivně spojit do výsledné molekuly.Tento přístup může řešit hned několik problémů. Umožňuje potvrdit strukturu přírodního produktu, připravit větší množství látky pro další biologické testování a především vytvářet její modifikované analogy. Právě změnou jednotlivých částí molekuly lze následně hledat varianty s vyšší antibakteriální aktivitou nebo jinými výhodnými vlastnostmi.<h4>Iboxamycin: od známé třídy antibiotik k nové molekule</h4>Význam syntetické modifikace přírodních struktur Ondřej Kováč demonstroval na příběhu iboxamycinu (<a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://www.nature.com/articles/s41586-021-04045-6">Nature 2021, 599, 507–512</a>)Výchozí inspiraci představovala linkosamidová antibiotika lincomycin a clindamycin. Prostřednictvím syntézy a cílených strukturních modifikací vznikl iboxamycin – molekula, která podle prezentovaných výsledků vykazovala aktivitu proti širokému spektru bakteriálních patogenů včetně zástupců skupiny ESKAPE.U iboxamycinu byly prezentovány také výsledky týkající se překonávání některých mechanismů rezistence, nového způsobu vazby a účinnosti v myších modelech. Ve srovnání s předchozími molekulami se zároveň podařilo rozšířit antibakteriální aktivitu i směrem ke gramnegativním bakteriím.Příklad iboxamycinu tak ukazuje, že chemická syntéza nemusí pouze reprodukovat molekulu vytvořenou přírodou. Může umožnit její zásadnější přetvoření a otevřít prostor k vlastnostem, které původní látka neměla.<h4>Od iboxamycinu k BT-33</h4>Vývoj přitom iboxamycinem neskončil. Dalším příkladem je molekula BT-33, připravená v roce 2025 (<a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40055575/">Nat. Chem. 2025, 17, 582–589</a> a <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/39394994/">J. Am. Chem. Soc. 2024, 146, 29135–29139</a>)BT-33 vznikla další syntetickou modifikací struktury iboxamycinu. Prezentovaná data ukazovala mimo jiné účinnost vůči řadě bakteriálních kmenů a zlepšení některých vlastností důležitých pro další vývoj.Mezi vyzdvižené charakteristiky patřilo potlačení rezistence, delší poločas rozpadu, výsledky v myších modelech a postup do preklinického hodnocení. Farmakokinetická data zároveň ukazovala delší poločas BT-33 ve srovnání s iboxamycinem.Vývoj od lincomycinu a clindamycinu přes iboxamycin až k BT-33 dobře ilustruje princip postupného zdokonalování biologicky aktivní molekuly pomocí syntetické chemie: přírodní struktura nebo struktura od ní odvozená poskytne základ, který lze dále systematicky modifikovat a testovat.<h4>Molekulární „pásová výroba“</h4>Vlastní přístup laboratoře Ondřeje Kováče je popsán jako „molekulární pásová výroba“. Myšlenkou je sestavovat složité molekuly z jednodušších stavebních bloků způsobem, který umožňuje nejen přípravu cílového přírodního produktu, ale také jeho následnou modifikaci.Taková strategie může zpřístupnit komplexní struktury, které jsou z přírodních zdrojů dostupné pouze v malém množství, a současně vytvořit prostor pro přípravu celé série analogů.Jako příklady přírodních látek souvisejících s tímto přístupem je uváděn například nocardiopsin D, vykazující aktivitu proti MRSA a VRSA, a simocyclinone D8, u něhož je uveden mechanismus účinku spojený s DNA gyrázou.Organická syntéza se tak stává nejen metodou pro přípravu známých molekul, ale také prostředkem pro systematické hledání nových biologicky aktivních struktur.<h4>Nová antibiotika nevzniknou v jediné laboratoři</h4>Organická syntéza dokáže vytvořit molekulu, připravit její analogy a cíleně měnit její strukturu a vlastnosti. Sama o sobě však nestačí. Aby bylo možné posoudit skutečný potenciál nové látky, musí se propojit s mikrobiologií, biologickým testováním, medicinální chemií, farmakologií a dalšími obory.Právě na tomto mezioborovém přístupu stojí také výzkum <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://kovaclab.com/">Kovac Lab</a>, který propojuje syntetickou organickou chemii, medicinální chemii a chemickou biologii. Významnou inspirací jsou přitom přírodní produkty – molekuly s mimořádně rozmanitými chemickými strukturami a biologickými účinky, které mohou představovat výchozí body pro objevování nových léčiv.Moderní organická syntéza umožňuje tyto komplexní molekuly nejen připravit, ale také navrhovat a vytvářet jejich analogy, optimalizovat jejich vlastnosti a hledat efektivnější cesty jejich syntézy. Propojení chemických a enzymatických přístupů pak dále rozšiřuje možnosti, jak se k biologicky aktivním látkám dostat a jak je využít jako potenciální vedoucí struktury při vývoji léčiv nebo jako nástroje ke studiu biologických procesů.V oblasti antibiotik se tak potkávají tři zásadní prvky: příroda jako zdroj inspirace, syntetická chemie jako nástroj pro tvorbu a optimalizaci molekul a biologické a antimikrobiální testování jako cesta k ověření jejich skutečného potenciálu.Právě jejich propojení může otevírat nové možnosti v době, kdy účinnost stávajících antibiotik stále více omezuje rostoucí rezistence. Příroda přitom nabízí obrovské množství chemických řešení, která ještě nemusíme znát nebo plně využívat – a moderní chemie nám dává nástroje, jak je objevovat, upravovat a postupně posouvat směrem k potenciálním novým antibiotikům.

Organická syntéza přírodních látek jako nástroj proti antibiotické rezistenci

Přednáška

Věda a výzkum

Video

Článek

Produkt

Je výzkumné centrum zaměřené na oblast živých věd, pokročilých materiálů a technologií.  Vznikl v roce 2011 na základech šesti významných brněnských univerzit a výzkumných institucí. Od doby jeho nedávného vzniku se daří budovat významné vědecké centrum, a již nyní se řadí mezi špičkové evropské instituce.

CEITEC

Cílem CZEPAR je vytvářet prostor pro diskusi, sdílení informací a mezioborovou spolupráci. Chceme přinášet vědomostní základnu pro státní správu při hledání regulatorního rámce, který umožní účinný boj proti šíření antibiotické rezistence ve společnosti.

CZEPAR - Česká platforma antibiotické rezistence

Společnost Organomation, založená v roce 1959, navrhuje a vyrábí vysoce kvalitní dusíkové koncentrátory a extrakční systémy. Jejich laboratorní přístroje, známé svou inovativností a odolností, se používají po celém světě pro efektivní přípravu vzorků a jsou doprovázeny silnou zákaznickou podporou.

Organomation

Wasson GC DHA Hydrocarbon Expert software

Analýza DHA snadno a jednoduše. Efektivní analýza je nyní ještě efektivnější. Software Hydrocarbon Expert.

Software Hydrocarbon Expert jako první využívá intuitivní grafické uživatelské rozhraní a pokročilé algoritmy pro mapování retenčních časů, díky čemuž je pro GC operátory velmi snadné spolehlivě určit jednotlivé komponenty v lehkých uhlovodíkových frakcích (reformáty, benzín, trysková paliva, alkyláty apod.) i bez mnohaletých zkušeností v tomto odvětví. Již od uvedení na trh je náš software celosvětově uznáván jako standard kvality co se týče detailní analýzy uhlovodíků DHA.
<h5>Hydrocarbon Expert je kompatibilní se všemi rozšířenými softwarovými systémy pro GC včetně:</h5>
<ul>
<li>Agilent GC Chemstation</li>
<li><a href="https://gcms.cz/products/24">Agilent OpenLab</a></li>
<li>Agilent EZChrom</li>
<li><a href="https://gcms.cz/products/76">Thermo/Dionex Chromeleon</a></li>
<li>Thermo Atlas</li>
<li>PerkinElmer TotalChrom</li>
<li>Justice Innovation ChromPerfect</li>
<li><a href="https://gcms.cz/products/305">DataApex Clarity</a></li>
<li>Scion Compass</li>
<li>a dalších</li>
</ul>
Balíček se softwarem zahrnuje referenční chromatogramy a kalibrační standard obsahující téměř 400 složek/píků, individuálně identifikovaných pomocí hmotnostního spektrometru. Uživatel si s jejich pomocí může z referenčních chromatogramů vytvořit šablony, zcela přizpůsobené na míru jeho analýze, vzorkům a složkám v nich obsažených. 
V kombinaci s modulem Hydrocarbon Expert/MS je nyní možné pomocí hmotnostního spektrometru jednotlivě identifikovat i píky, které nejsou v základní databázi komponent a/nebo eluují současně. MSD spektra s vysokým rozlišením lze automaticky porovnávat s daty ve spektrálních databázích.
<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Altium_International_Wasson_Obrazek_1_Diagram_casti_DHA_chromatogramu_s_identifikovanymi_a_neidentifikovanymi_piky_b50386d9b9.jpg" alt="Wasson: Diagram části DHA chromatogramu s identifikovanými a neidentifikovanými píky. Hydrocarbon Expert značně zjednodušuje identifikaci komponent srovnáním změřeného chromatogramu s referenčním."/>
<h3>Klíčové vlastnosti</h3>
<ul>
<li>Podporované metody: ASTM D5134, D6729, D6730, D6733, D7900 či vlastní
</li>
<li>Pokročilé rozpoznávání a identifikace Sure-ID Původní algoritmus je nyní modifikovaný pro větší přesnost s ohledem na možnou variabilitu chromatogramů. Algoritmus je aplikovaný nejen na vybrané píky, ale na celý signál. Všechny komponenty jsou identifikované jediným kliknutím. Algoritmus je přímo součástí softwaru Hydrocarbon Expert a tudíž použitelný pro data z jakéhokoli výše uvedeného chromatografického systému. Rozpoznávání a mapování píků probíhá na originálním signálu, nikoliv na jakkoli posunutém chromatogramu.
</li>
<li>Manuální integrace blízkých píků ve vestavěném grafickém integrátoru.
</li>
<li>Nový souborový formát HCDX slučuje původní formáty HCD a HCX:
<ul>
<li>Redukuje nutnost spravovat zároveň soubory s databází komponent a šablonou chromatogramu.
</li>
<li>Šablona je automaticky zobrazena s příslušným změřeným signálem.
</li>
<li>Zpětná kompatibilita s HCD a HCX.
</li>
</ul>
</li>
<li>Molekulová hmotnost a hustota dostupné téměř ve všech typech reportů.
</li>
<li>Shrnutí dle počtu uhlíků přidáno jako tabulka na report s výpočty.
</li>
<li>Automatické zvýraznění konfliktů při identifikaci. Duplikované komponenty jsou označeny červeně, zatímco komponenty mimo očekávané pořadí jsou zobrazeny žlutě.
</li>
<li>Automatické posouvání referenčního signálu (šablony) při každém manuálně přeneseném označení píku.
</li>
<li>Nastavení měřítka referenčního a změřeného signálu pomocí zvolení dvou bodů na každém chromatogramu.
</li>
<li>Referenční chromatogramy/šablony jsou uchovávány chráněné proti pozměnění či přepsání. Šablonu lze zkopírovat a použít po zadání druhu kalibračního standardu, metody a použitého nosného plynu.
</li>
<li>Dialogové okno informací o šabloně zobrazuje původní datový soubor a referenční chromatogram použité při tvorbě šablony.
</li>
<li>Obsah kyslíkatých sloučenin (%Oxy) byl přidán do reportu s doplňkovými vlastnostmi. Tento údaj se hodí zvláště pro ASTM D5501.
</li>
</ul>
<h4>Přepracované uživatelské rozhraní:</h4>
<ul>
<li>Dialogové okno pro otevření změřeného signálu:
<ul>
<li>Šablony lze otevřít na několika místech v programu.
</li>
<li>Pomocné výpočty obsahu vody a výtěžku (recovery) mohou být uživatelsky upraveny. Možnost korekce procenta vody je užitečná v případě ASTM D5501.
</li>
<li>Pořadí zpracování signálů lze jednoduše upravit kliknutím či drag-and-drop.
</li>
</ul>
</li>
<li>Panel konfigurace:
<ul>
<li>Skupiny jsou zobrazeny ve větvené struktuře.
</li>
<li>Skupiny mohou být vyřazeny a komponenty patřící k vyřazené skupině nejsou identifikovány automaticky.
</li>
<li>Další možností nastavení response faktoru, mol. hmotnosti a hustoty pro neznámé komponenty.
</li>
</ul>
</li>
<li>Panel výběru komponent:
<ul>
<li>Lze zobrazit pouze nepřiřazené komponenty.
</li>
<li>Dodatečné informace, jako např. typ skupiny, počet uhlíků a odchylka od očekávaného retenčního času jsou též zobrazeny.
</li>
<li>Procento celkové plochy pro vybraný pík.
</li>
</ul>
</li>
<li>Panel popisků píků:
<ul>
<li>Skupiny zobrazeny ve větvené struktuře.
</li>
<li>Byla přidána tlačítka &quot;Označit vše&quot; a &quot;Zrušit označení&quot;.
</li>
</ul>
</li>
</ul>
<h5>Zobrazení nejpravděpodobnější komponenty u neidentifikovaných píků</h5>
<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Altium_International_Wasson_Obrazek_2_V_panelu_je_automaticky_zvyraznen_nejpravdepodobnejsi_kandidat_pro_neznamy_pik_c924e94a97.jpg" alt="Wasson: V panelu je automaticky zvýrazněn nejpravděpodobnější kandidát pro neznámý pík."/>
<h5>Zarovnání signálů dle dvou bodů</h5>
<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Altium_International_Wasson_Obrazek_3_Nezarovnane_signaly_ebe578a123.jpg" alt="Wasson: Nezarovnané signály."/>
<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Altium_International_Wasson_Obrazek_4_Zarovnane_signaly_23e10487fd.jpg" alt="Wasson: Zarovnané signály."/>
<h5>Možnost porovnávat několik signálů či reportů</h5>
<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Altium_International_Wasson_Obrazek_5_V_software_lze_porovnavat_neomezeny_pocet_signalu_a_reportu_Srovnani_lze_provest_na_jakekoli_urovni_od_shrnuti_dle_skupin_po_vlastni_vypocty_9c06f36d16.jpg" alt="Wasson: V software lze porovnávat neomezený počet signálů a reportů. Srovnání lze provést na jakékoli úrovni, od shrnutí dle skupin po vlastní výpočty."/>
<h5>Zabudovaný integrátor signálu</h5>
<ul>
<li>Eliminuje nutnost přecházet mezi Hydrocarbon Expert a chromatografickým softwarem při zpracovávání dat.
</li>
<li>Integrátor podporuje tangent skimming (integrace píků na chvostu většího píku), což je vhodné pro metodu ASTM D5501.
</li>
</ul>
<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Altium_International_Wasson_Obrazek_6_Integrace_piku_v_programu_Hydrocarbon_Expert_TM_89508f1a7b.jpg" alt="Wasson: Integrace píku v programu Hydrocarbon Expert"/>

Produkty zaměřené na Software od Wasson-ECE Instrumentation - strana 1

Mohlo by Vás zajímat

Organická syntéza přírodních látek jako nástroj proti antibiotické rezistenci

Chlazený SpeedVac SRF110 vs. CentriVap: Proč je kapacita zpracování vzorků pro laboratoře pracující s peptidy a proteiny důležitější než kdy dříve

Co přitahuje molekuly? Nová generace nástroje z CEITEC zviditelňuje síly mezi atomy