Efficient proteomics with an automated sample preparation strategy leveraged by Evotip Pure and the AssayMAP Bravo

Význam tématu

Proteomika se vyvíjí směrem k vysoké propustnosti a vyžaduje spolehlivé automatizované přípravy vzorků. Kombinace Protein Aggregation Capture na magnetických částicích s Evotip Pure a robotem AssayMAP Bravo řeší časovou a kapacitní náročnost klasických postupů.

Cíle a přehled studie

Cílem studie bylo vyvinout plně automatizovaný end-to-end protokol digesce a naložení vzorků pro vysokopropustnou proteomiku. Testovaly se různé doby digesce, robustnost přípravy, reproducibilita a citlivost při nízkých množstvích proteinu.

Použitá metodika a instrumentace

Vzorky HeLa lyzované v 5% SDS byly zpracovány PAC metodou na Resyn Biosciences hydroxypropyl mikropartikelách s isopropanolem. Digesce Lys-C a trypsinem (poměr 1:100 a 1:25) při 37 °C po dobu 0,5–16 h s víkem proti odparu. Následovalo automatické naložení na Evotip Pure pomocí Agilent AssayMAP Bravo (VWorks 13) a analýza na Evosep One s timsTOF HT (Bruker) nebo QQQ 6495C (Agilent). Data zpracována v DIA-NN 1.8.1 a Skyline 21.2.

Hlavní výsledky a diskuse

• Doba digesce až 16 h dosahuje ~90 % plně štěpených peptidů, 30minutová digesce poskytla ~65 % štěpení s CV 7 %.
• Kapacita až 480 vzorků za den, reprodukovatelnost CV digesce <7 %, nízká intra- a inter-plate variabilita.
• Citlivost: z 5 ng vzorku identifikováno ~2 000 proteinů, z 1 000 ng ~8 000 proteinů s CV <7 %.

Přínosy a praktické využití metody

Protokol minimalizuje manuální zásahy, zkracuje čas přípravy a zvyšuje konzistenci dat. Vhodné pro vysokopropustné studie, QA/QC v průmyslové analytice a objev biomarkerů.

Budoucí trendy a možnosti využití

• Rozšíření o moduly pro frakcionaci a obohacení post-translačních modifikací.
• Integrace s dalšími robotickými platformami a cloudovými analytickými nástroji.
• Optimalizace digesce pro cílené MRM/SRM metody a různorodé matice.

Závěr

Vyvinutý protokol spojuje rychlou a flexibilní digesci PAC metodou s automatizovaným naložením na Evotip Pure, dosahuje vysoké propustnosti, reproducibility a citlivosti. Je základem pro škálovatelné a robustní workflow v high-throughput proteomice.

Reference

• Batth TS, Tollenaere M, Rüther P et al. Protein Aggregation Capture on Microparticles Enables Multipurpose Proteomics Sample Preparation. Mol Cell Proteomics. 2019.