NIST26 přináší integrované zpracování chromatogramů, dekonvoluci a vyhledávání v knihovnách pro data EI GC-MS a LC-MS/MS. Celý postup však začíná jedním zásadním požadavkem: chromatografická data musí být k dispozici ve formátu mzML. James Little ze společnosti Mass Spec Interpretation Services ve své prezentaci <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://labrulez.com/pdf/Conversion_to_mz_ML_63e134bb34.pdf">Conversion to mzML Format for NIST26 Chromatogram Processing</a> vysvětluje, jak převést data výrobců přístrojů do formátu mzML pomocí softwaru výrobce nebo bezplatného nástroje MSConvert ze sady ProteoWizard. Zároveň upozorňuje na několik nastavení, která jsou pro správné zpracování dat v NIST26 zásadní.<h4>Zpracování chromatogramů v NIST26 vyžaduje formát mzML</h4>Pro zpracování chromatogramů popsaným v prezentaci je mzML akceptovaným vstupním formátem. Proprietární data z LC-MS nebo GC-MS je proto nutné před načtením do prostředí NIST26 převést.Soubor mzML lze získat dvěma základními způsoby:<ul><li>převodem pomocí softwaru dodávaného výrobcem přístroje,</li><li>převodem pomocí nástroje MSConvert, který je součástí bezplatného softwarového balíčku ProteoWizard.</li></ul>Použití otevřeného formátu, jako je mzML, zároveň představuje praktický způsob přenosu hmotnostně spektrometrických dat mezi různými softwarovými prostředími bez závislosti výhradně na proprietárních formátech jednotlivých výrobců.<h4>Použití ProteoWizard a MSConvert</h4>MSConvert se instaluje jako součást kompletního balíčku ProteoWizard, nikoli jako samostatná aplikace. Po instalaci ProteoWizard mohou uživatelé pracovat buď s grafickým rozhraním MSConvert, nebo s jeho verzí pro příkazovou řádku.Pro běžné rutinní použití prezentace doporučuje stabilní verzi softwaru. Novější nebo tzv. nightly build verze však mohou někdy nabídnout lepší podporu novějších proprietárních formátů nebo širší možnosti nastavení filtrů pro zpracování dat. To může být užitečné zejména při práci se soubory, u kterých je třeba věnovat větší pozornost centroidaci nebo detekci píků.Pro většinu uživatelů představuje grafické rozhraní jednoduchý způsob, jak převést proprietární surová data do souboru mzML vhodného pro další zpracování v NIST26.<h4>Začněte výběrem mzML jako výstupního formátu</h4>Prvním krokem v MSConvert je výběr zdrojového souboru nebo datové sady pomocí funkce Browse.Software podporuje širokou škálu formátů hmotnostně spektrometrických dat. V okně pro výběr souboru lze zobrazit buď konkrétní formát daného výrobce, nebo všechny podporované spektrální formáty.Po výběru zdrojových dat je nutné nastavit jako výstupní formát mzML. Ukázky v prezentaci zobrazují toto nastavení přímo v panelu možností MSConvert před spuštěním převodu.Před přidáním datové sady do fronty pro konverzi lze rovněž zvolit cílovou složku a další možnosti výstupního souboru.<h4>Přidání dat a spuštění konverze</h4>Jakmile jsou vybrány zdrojový soubor a výstupní parametry, soubor se pomocí příkazu Add přidá do seznamu pro konverzi.Samotný převod se následně spustí tlačítkem Start.U jednodušších datových sad, které již obsahují spektra ve správné podobě, může být tento postup dostačující. James Little však zdůrazňuje ještě jeden požadavek, který je pro NIST26 obzvlášť důležitý: data musí být centroidovaná.<h4>Centroidovaná data jsou nezbytná</h4>Podle prezentace nejsou pro tento workflow zpracování chromatogramů v NIST26 vhodná data v profilovém režimu. Spektra musí být převedena do centroidované podoby, tedy do formy po detekci píků.Profilová spektra obsahují kompletní naměřený tvar jednotlivých signálů v celém rozsahu m/z. Centroidovaná data tyto profily převádějí na jednotlivé diskrétní píky reprezentované charakteristickou hodnotou m/z a intenzitou.Pokud jsou původní data výrobce stále v profilovém režimu, lze centroidaci provést přímo během převodu přidáním filtru Peak Picking v MSConvert.<blockquote>Konverze tak může v jednom kroku provést dvě operace:proprietární surová data → centroidace / Peak Picking → mzML</blockquote>Výsledný soubor mzML je následně možné použít jako vstup pro zpracování chromatogramu v NIST26.<h4>Peak Picking musí být prvním filtrem</h4>Jedním z nejdůležitějších praktických bodů prezentace je pořadí operace Peak Picking v seznamu filtrů MSConvert.Pokud je centroidace nutná, Peak Picking musí být prvním algoritmem nebo filtrem v seznamu. Zařazení jiné zpracovatelské funkce před něj může narušit zamýšlený průběh konverze.MSConvert umožňuje zvolit filtr Peak Picking, nastavit příslušné úrovně MS a přidat jej do posloupnosti zpracování ještě před spuštěním převodu. Příklad v prezentaci využívá vendor-based peak picking pro vybrané úrovně MS.Pokud si uživatel není jistý, zda jsou zdrojová data již centroidovaná, lze filtr Peak Picking přidat i tak. Podle prezentace jeho aplikace na již centroidovaná data soubor zbytečně nemění.To může být užitečná pojistka zejména u starších datových sad, u kterých není režim akvizice zcela jistý.<h4>Výběr správných úrovní MS</h4>Peak picking nemusí být nutně aplikován stejným způsobem na všechna spektra v datové sadě. MSConvert umožňuje určit úrovně MS, na které se má filtr vztahovat.To je důležité zejména u LC-MS/MS dat, kde jeden soubor může obsahovat jak MS spektra prekurzorových iontů, tak tandemová MS/MS spektra.Nastavení konverze by proto mělo odpovídat způsobu, jakým byla původní data získána, a také tomu, jak budou následně zpracovávána v NIST26.<h4>Počítejte se změnami velikosti souboru</h4>Prezentace rovněž upozorňuje, že velikost převedených souborů se může výrazně lišit od původních proprietárních dat.To je důležité zejména při práci s rozsáhlými LC-MS/MS datovými sadami nebo při dávkovém zpracování většího množství chromatogramů. Velikost výsledného souboru mzML může záviset na původním režimu akvizice, centroidaci, nastavení komprese, počtu úrovní MS i dalších výstupních parametrech.Před převodem rozsáhlejších kolekcí surových dat je proto vhodné počítat také s požadavky na úložný prostor.<h4>Jednoduchý postup pro přípravu dat pro NIST26</h4>Celý postup prezentovaný Jamesem Littlem lze shrnout do několika kroků:<ol><li>Získejte původní proprietární LC-MS nebo GC-MS data.</li><li>Otevřete data v MSConvert nebo použijte konverzní software výrobce přístroje.</li><li>Nastavte mzML jako výstupní formát.</li><li>Ověřte, zda jsou spektra centroidovaná.</li><li>Pokud je to nutné, přidejte Peak Picking jako první filtr zpracování.</li><li>Vyberte odpovídající úrovně MS.</li><li>Přidejte soubor do seznamu pro konverzi.</li><li>Spusťte převod.</li><li>Výsledný soubor mzML použijte pro zpracování chromatogramu v NIST26.</li></ol>Samotný postup není složitý, ale požadavek na centroidovaná data je zásadní. Soubor může mít správnou příponu <code>.mzML</code>, ale přesto nemusí být pro daný workflow vhodný, pokud jeho spektra zůstávají v profilovém režimu.<h4>Od proprietárních dat k integrovanému zpracování v NIST26</h4>Převod datových souborů může na první pohled působit jako méně důležitý krok ve srovnání s dekonvolucí, interpretací spekter nebo knihovním vyhledáváním, ve skutečnosti však tvoří základ celého následného workflow.Díky použití mzML jako jednotného vstupního formátu může NIST26 zpracovávat data pocházející z různých přístrojových platforem konzistentnějším způsobem. ProteoWizard a MSConvert představují praktické propojení mezi proprietárními hmotnostně spektrometrickými soubory a tímto standardizovaným formátem.Hlavní sdělení prezentace je proto jednoduché: převeďte data do mzML, ověřte, že jsou spektra centroidovaná, a pokud je centroidace nutná, umístěte Peak Picking jako první filtr v pořadí. Po splnění těchto podmínek jsou data připravena pro integrované zpracování chromatogramů a vyhledávání v knihovnách v NIST26.

Převod do formátu mzML pro zpracování chromatogramů v NIST26

Velikostně vylučovací chromatografie (SEC) patří k nejpoužívanějším metodám charakterizace biofarmaceutik. Separuje vysokomolekulární formy (HMW), monomer a nízkomolekulární fragmenty (LMW) podle hydrodynamické velikosti. Větší molekuly pronikají do menší části pórů stacionární fáze a eluují se dříve, zatímco menší molekuly vstupují do většího objemu pórů a eluují se později.Robustní metoda vyžaduje sladění velikosti analytu s distribucí pórů, vhodnou velikost částic a omezení nespecifických interakcí. To je zásadní u protilátek, konjugátů protilátka-léčivo (ADC), oligonukleotidů, mRNA i virových částic. Portfolio Sepax zahrnuje kolony pro UHPLC, HPLC, FPLC i preparativní použití.<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Altium_Princip_SEC_chromatografie_122fc6bca4.jpg" alt="Altium: Princip SEC chromatografie" srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_Altium_Princip_SEC_chromatografie_122fc6bca4.jpg 234w," sizes="100vw" width="1536" height="1024"><h4>Selektivita začíná u velikosti pórů</h4>SEC nerozděluje molekuly přímo podle molární hmotnosti, ale podle hydrodynamické velikosti, kterou ovlivňuje tvar, konformace, solvatace, glykosylace i stav asociace. Rozsah molárních hmotností je proto pouze orientační; optimální fázi určí experimentální screening.Příliš malé póry mohou vylučovat cílový analyt i jeho agregáty, takže se eluují blízko mrtvého objemu a jejich rozlišení klesá. Příliš velké póry poskytují složkám podobný přístup do porézního objemu a selektivitu rovněž snižují. Pro monoklonální protilátky a jejich rozpustné agregáty je obvyklým výchozím bodem fáze s velikostí pórů okolo 300 Å. Menší proteiny, peptidy a oligonukleotidy často vyžadují 80 - 150 Å, zatímco mRNA a virové částice podstatně širší póry.Zenix a Zenix-C nabízejí póry 80 - 300 Å. SRT a SRT-C pokrývají přibližně 100 - 2000 Å a rozšiřují screening na velké nukleové kyseliny a virové vektory. Preparativní SRT-10 a SRT-10C umožňují vyšší zatížení.<h4>Velikost částic určuje účinnost a tlak</h4>Menší částice zvyšují účinnost a rozlišení, ale také protitlak a citlivost k mimokolonové disperzi. Unix a Unix-C s částicemi 1,8 µm jsou určeny pro UHPLC, Zenix a Zenix-C s částicemi 3 µm pro HPLC. SRT a SRT-C s částicemi 5 µm představují kompromis mezi účinností a robustností, zatímco SRT-10 a SRT-10C s částicemi 10 µm jsou vhodné i pro preparativní aplikace.U kolon o průměru 4,6 mm s částicemi pod 3 µm je nutné minimalizovat mimokolonový objem krátkými kapilárami, malou detekční celou a nízkým nástřikem. Při převodu z kolony 7,8 mm nelze bez přepočtu zachovat průtok ani injekční objem.<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Altium_Obrazek_SEC_analyza_agregatu_bispecifickych_protilatek_na_kolonach_Sepax_SRT_C_300_A_a_Zenix_C_300_A_1abe6a3cfd.jpg" alt="Altium: Obrázek: SEC analýza agregátů bispecifických protilátek na kolonách Sepax SRT-C 300 Å a Zenix-C 300 Å (7,8 × 300 mm) při průtoku 1,0 ml/min. Kolona Zenix-C s částicemi 3 µm poskytla vyšší účinnost separace. Mobilní fáze: 50 mM fosfátový pufr, 250 mM KCl, pH 7,0; detekce při 280 nm." srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_Altium_Obrazek_SEC_analyza_agregatu_bispecifickych_protilatek_na_kolonach_Sepax_SRT_C_300_A_a_Zenix_C_300_A_1abe6a3cfd.jpg 245w," sizes="100vw" width="1233" height="585"><h4>Chemie povrchu omezuje sekundární interakce</h4>Ideální SEC je neadsorpční, biomolekuly však mohou interagovat s reziduálními silanolovými skupinami, vázanou fází, kovovými povrchy systému nebo hydrofobními oblastmi náplně. Důsledkem bývá opožděná retence, chvostování píků, nižší výtěžnost nebo zkreslený obsah agregátů. Riziko je vyšší u bazických a hydrofobních proteinů, ADC a PEGylovaných produktů.Fáze Sepax využívají hydrofilní vázané vrstvy omezující kontakt analytu se silikagelem. Standardní řady Unix, Zenix, SRT a SRT-10 jsou vhodné pro běžné proteiny. Varianty „-C“ jsou určeny pro analyty náchylné k hydrofobním a dalším nespecifickým interakcím, například ADC, derivatizované protilátky nebo PEGylované a fúzní proteiny.BioMix kombinuje velikostní separaci s řízeným příspěvkem hydrofobních interakcí. Může tak rozlišit biomolekuly podobné velikosti, ale rozdílné povrchové hydrofobity, například správně a chybně spárované bispecifické protilátky.<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Altium_Obrazek_3_Analyza_spravne_a_chybne_sparovanych_forem_bispecificke_protilatky_d12ea84383.jpg" alt="Altium: Obrázek: Analýza správně a chybně spárovaných forem bispecifické protilátky na kolonách Sepax BioMix SEC 300 Å a Zenix-C SEC 300 Å (7,8 × 300 mm). BioMix poskytla vyšší selektivitu pro chybně spárované formy, zatímco Zenix-C minimalizovala nespecifické interakce." srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_Altium_Obrazek_3_Analyza_spravne_a_chybne_sparovanych_forem_bispecificke_protilatky_d12ea84383.jpg 245w," sizes="100vw" width="1152" height="332"><h4>Praktický výběr kolony</h4>Nejprve je třeba definovat cíl metody: kvantifikaci agregátů, rozlišení fragmentů, popis distribuce velikostí nebo preparativní sběr. Následuje screening dvou až tří velikostí pórů, volba částic a průměru kolony podle tlakového limitu, množství vzorku a požadované propustnosti a porovnání standardní chemie s variantou „-C“.Výchozí mobilní fází bývá neutrální fosfátový pufr s dostatečnou iontovou silou pro potlačení elektrostatických interakcí. Podle chování analytu lze upravit koncentraci soli, pH, typ pufru nebo přidat malé množství organického modifikátoru. Změny však mohou ovlivnit konformaci a stav asociace proteinu, a tím i zdánlivý obsah agregátů. Injekční objem i hmotnostní zatížení mají zůstat nízké; průtok a teplota se optimalizují až po výběru pórů a povrchové chemie.SEC lze kombinovat s UV, refraktometrickou detekcí nebo MALS. SEC-MALS s koncentračním detektorem poskytuje molární hmotnost napříč píkem a pomáhá odlišit skutečnou změnu velikosti od anomální retence.<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Altium_Obrazek_4_Separace_Cas9_m_RNA_a257da9cf1.jpg" alt="Altium: Obrázek: Separace Cas9 mRNA a jejích vysokomolekulárních agregátů na kolonách Sepax SEC a srovnávacích kolonách. Kolony Sepax s částicemi 5 µm a póry 1000 nebo 2000 Å (4,6 × 300 mm) poskytly vysoké rozlišení HMW forem. Mobilní fáze: 50 mM Tris, 200 mM NH₄Cl, pH 7,5; detekce UV při 260 nm a MALS." srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_Altium_Obrazek_4_Separace_Cas9_m_RNA_a257da9cf1.jpg 245w," sizes="100vw" width="1221" height="556"><img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Altium_portfolio_kolon_Sepax_8717cb2189.jpg" alt="Altium: Portfolio kolon Sepax SEC" srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_Altium_portfolio_kolon_Sepax_8717cb2189.jpg 245w," sizes="100vw" width="1600" height="930"><h4>Závěr</h4>Spolehlivá SEC metoda vychází z koordinované volby pórů, částic, chemie povrchu, formátu kolony a mobilní fáze. Portfolio Sepax SEC poskytuje ucelený rámec od 1,8µm UHPLC analýzy až po 10µm semi-preparativní a preparativní separace, s velikostmi pórů pokrývajícími malé proteiny a oligonukleotidy až po mRNA a virové částice. Umožňuje tak vyvíjet metody s lepší selektivitou, výtěžností a robustností jak u zavedených biologických léčiv, tak u nastupujících terapeutických modalit.<blockquote><h5>Pro další informace neváhejte kontaktovat:&nbsp;</h5><ul><li>Irena Palíková, Altium International s.r.o.</li><li>irena.palikova@altium.net</li></ul></blockquote>

Moderní SEC chromatografie pro charakterizaci biofarmak

Přijměte naše pozvání na odborný seminář společnosti Anton Paar, zaměřený na principy a praktické možnosti měření dynamické a kinematické viskozity.Během semináře vám představíme možnosti přesného a efektivního měření viskozity různých typů vzorků a ukážeme, jak správně zvolená metoda a moderní přístrojová řešení pomáhají při každodenní kontrole kvality, vývoji i charakterizaci materiálů.Teoretické informace doplníme praktickými ukázkami měření na přístrojích Anton Paar a zkušenostmi z reálných aplikací. Prostor bude také pro dotazy a diskuzi nad konkrétními požadavky z vaší praxe.<blockquote>👉<a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://www.anton-paar.com/cz-cs/servis-podpora/seminare/detail/event/principy-a-moznosti-mereni-dynamicke-a-kinematicke-viskozity/">Registrace ZDE</a><ul><li>Účast na semináři je zdarma, občerstvení je zajištěno.</li><li>Kapacita je omezena, doporučujeme včasnou registraci.</li><li>Konec registrace: 1. 10. 2026</li></ul></blockquote><img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Anton_Paar_Anton_Paar_Visco_QC_100_rotacni_viskozimetr_ff2491f26f.jpg" alt="Anton Paar: ViscoQC 100 rotační viskozimetr" srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_Anton_Paar_Anton_Paar_Visco_QC_100_rotacni_viskozimetr_ff2491f26f.jpg 234w," sizes="100vw" width="2400" height="1600"><h4>Na co se můžete těšit?</h4><ul><li>Principy měření dynamické a kinematické viskozity a rozdíly mezi metodami</li><li>Práce s <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://labrulez.com/cs-cz/all/products/1320">rotačními viskozimetry ViscoQC</a> pro rychlou a spolehlivou kontrolu kvality</li><li>Měření kinematické viskozity pomocí <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://labrulez.com/cs-cz/all/products/1356">Stabingerova viskozimetru SVM</a></li><li>Pokročilou charakterizaci tokových vlastností s využitím <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://labrulez.com/cs-cz/icpms/products?category=310&amp;manufacturerItems=444&amp;search=MCR">reometrů MCR</a></li><li>Prostor pro dotazy a odbornou diskuzi nad vašimi aplikacemi</li></ul><h4>Kdy a kde?</h4><ul><li>7. října 2026 | 10:00–15:00</li><li>Anton Paar Czech Republic – Nagano Park, budova IV</li><li>K Červenému dvoru 3269/25a, Praha 3 – Strašnice</li></ul><h4>Seminářem vás provedou:</h4><ul><li>Ing. Martin Kolář, PhD.</li><li>Ing. Veronika Mrňová&nbsp;</li><li>Ing. Michaela Freyová.</li></ul>Těšíme se na setkání s vámi!Anton Paar Czech Republic

Pozvánka na seminář Anton Paar - Principy a možnosti měření dynamické a kinematické viskozity

Akademie

Software

Video

Článek

Produkt

Nejbližší akce

Je autorizovaným distributorem společnosti Agilent Technologies pro Českou republiku v oblastech chromatografie (GC, HPLC, UHPLC, kapilární elektroforéza) a hmotnostní spektrometrie (GC/MS, LC/MS, CE/MS), disolučních aparátů, molekulární (UV-Vis, UV-Vis-NIR, fluorescence, FTIR analyzátory a mikroskopy) a atomové spektroskopie (ICP-OES, ICP-MS, AAS), a v neposlední řadě také v oblasti molekulární biologie a genomiky (analýza nukleových kyselin a proteinů, microarray skenery a skla, PCR & RT-PCR, qPCR, řešení pro NGS, reagencie pro mutagenezi a klonování, sondy FISH a další).

Altium International

Anton Paar vyvíjí, vyrábí a distribuuje vysoce přesné laboratorní přístroje a procesní měřicí systémy a nabízí uživatelsky specifická řešení automatizace a robotizace.

Anton Paar

Mým hlavním zájmem je identifikace organických sloučenin hmotnostní spektrometrií v organických směsích.

James Little/Mass Spec Interpretation Services

Agilent Split/splitless Inlet module pro GC 7890 včetně EPC, G3452-60800 (Nový)

Zajistěte konzistentní a přesné dávkování vzorku v plynové chromatografii pomocí split/splitless inletu a EPC modulu od společnosti Agilent, určeného pro plynové chromatografy Agilent 7890.

Agilent SmartCard 4 Tray Assembly s lithium-iontovou baterií, G2571-65400 (Nové)

Náhradní modul SmartCard 4 Tray s Li-ion baterií zajišťuje napájení řídicí elektroniky LC/MS systémů s trojitým kvadrupólem během výpadků nebo servisu.

Pfeiffer turbo pumpa pro Agilent ICP-MS 8800, G3660-80100 (Nová)

Turbo pumpa Pfeiffer (G3660-80100) pro Agilent 8800 ICP-MS zajišťuje rychlé odčerpání, stabilní ultra vysoké vakuum a spolehlivý výkon hmotnostního spektrometru.

Bazar produkty z kategorie Náhradní díly ve stavu nové - strana 28

Mohlo by Vás zajímat

Moderní SEC chromatografie pro charakterizaci biofarmak

Pozvánka na seminář Anton Paar - Principy a možnosti měření dynamické a kinematické viskozity

Převod do formátu mzML pro zpracování chromatogramů v NIST26