Moderní LC/MS přístroje disponují citlivostí, díky které lze SPE přípravu nahradit přímým nástřikem vzorků vody. Agilent LC/QQQ 6495 našel využití v řadě laboratoří v ČR zabývajících se analýzou vod.

Pro monitoring kontaminantů ve vodách se ve velké míře využívají LC/MS trojité kvadrupóly. Nejčastěji se sledují farmaka, pesticidy a jejich metabolity, nicméně měří se i mnoho dalších látek.