Zpracování dat pomocí softwaru Thermo Freestyle s vyhledáváním NIST MSMS pro identifikaci sloučenin („Nearby Precursors“ Enhancement)

Tato série webinářů ukazuje použití softwaru Thermo Freestyle 1.8 SP2 QF1 pro zpracování LCMS hmotnostních spekter produktových s iontů pomocí programu NIST 23 Mass Spectral Search Program (v.3.0). Spektra se snadno exportují ze softwaru Freestyle do programu NIST Search pro identifikaci jednotlivých složek s využitím knihoven NIST MSMS a všech dalších dostupných uživatelských, veřejných a komerčních MSMS knihoven. Freestyle je velmi pohodlný softwarový balík pro zpracování dat získaných pomocí přístrojů LCMS Orbitrap. V jedné analýze lze získat spektra MS1 i MS2 v režimu pozitivních i negativních iontů. Lze také snadno zobrazit PAD a UV-VIS data pro zaměření požadovaných látek z LC analýz.

Materiály ke stáhnutí pro celou sérii

• Část 1: Můj oblíbený režim zpracování ve Freestyle
• Část 1A: Používání vylepšeného režimu zpracování „Nearby Precursor“ v aplikaci FreeStyle
• Část 2: Alternativní režimy zpracování ve Freestyle
• Část 3: Nastavení základních nastavení ve Freestylu a vyhledávání NIST
• Část 4: Demonstrace různých vyhledávání NIST MSMS
• Část 5: Zpracování prvků v Thermo Freestyle

Část 1A: Zpracování dat pomocí softwaru Thermo Freestyle s vyhledáváním NIST MSMS pro identifikaci sloučenin (funkce „Nearby Precursors“)

Vybavení a software

• Thermo Orbitrap MSMS
• Software Thermo Freestyle
• Vyhledávání NIST MSMS

Zpracování dat hmotnostní spektrometrie je kritickým krokem při analýze složitých chemických směsí. Tento článek se zaměřuje na preferovanou metodu zpracování dat pomocí softwaru Thermo Freestyle s přidaným vylepšením – blízké prekurzory. Tento přístup umožňuje efektivní spektrální analýzu a identifikaci sloučenin, což zvyšuje efektivitu a přesnost pracovního postupu.

Průvodce zpracováním dat krok za krokem

1. Nastavení pracovního prostoru

Chcete-li zefektivnit analýzu dat, postupujte při konfiguraci pracovního prostoru v softwaru Thermo Freestyle podle následujících kroků:

• Otevřete tři okna ve spodní části aplikace Freestyle:
  • V horním okně: 1: MS1: Pozitivní ionty
  • Prostřední okno: Záporný iont MS2
  • Spodní okno: UV nebo PDA stopa
• Uložte rozvržení pomocí Workspace Options/Layouts, abyste zajistili automatické použití při otevření nových souborů.

James Little: Část 1A - Nastavení pracovního prostoru

2. Výběr rozsahů a filtrů

• Pokračujte v přidávání oken, dokud nebudete mít celkem tři.
• Ke konfiguraci použijte funkci filtru:
  • Pozitivní ion v horním okně
  • Záporné ionty ve druhém okně
  • UV/PDA stopa ve spodním okně
• Možnosti pozitivních a negativních iontů jsou poslední dvě položky v seznamu filtrů.

James Little: Část 1A - Výběr rozsahů a filtrů

3. Okno spekter a zpracování dat

Po nastavení pracovní plochy jsou k dispozici tři pracovní oblasti:

• Pole pro zpracování, která slouží k upřesnění výběru dat
• Pole pro výběr funkcí pro výběr potřebných analýz
• Vizualizace spektra pro data MS a MSMS

Tip: Rozložení vždy uložte, aby se automaticky načítalo při otevírání nových souborů.

James Little: Část 1A -Okno se spektry a zpracování dat

Vylepšení analýzy pomocí blízkých prekurzorů

Funkce Nearby Precursors (Blízké prekurzory) umožňuje uživatelům rychlý přístup ke spektrům MS2 z přidružených píků a jejich analýzu. Zde se dozvíte, jak ji efektivně používat:

1. Výběr píků a generování MS2 spekter

• Klikněte levým tlačítkem myši na pík v pozitivním nebo negativním chromatogramu (např. pík v 10,05 minutě).
• Ve druhém okně se zobrazí odpovídající MS2 spektrum.
• Dvojitým kliknutím levým tlačítkem myši na fialové kolečko spojené s iontem zobrazíte MSMS spektrum.

Poznámka: Blízké prekurzory nelze použít s průměrovaným MS spektrem!

James Little: Část 1A - Výběr píků a generování MS2 spekter

2. Odesílání spekter do vyhledávače knihovny NIST MSMS

Jakmile se zobrazí MS2 spektrum:

• Kliknutím levým tlačítkem myši vyberte lištu nad spektrem.
• Spektrum odešlete do vyhledávání NIST pro další identifikaci.
• Nechtěná spektra odstraníte kliknutím na „x“ v rámečku.

James Little: Část 1A - Odesílání spekter do vyhledávače knihovny NIST MSMS

Řešení problémů: Obnovení odstraněných spekter

Pokud jsou omylem odstraněna všechna okna spekter MS a MS2:

1. Přejděte do nabídky Možnosti pracovní plochy > Spektrum > Vložit zobrazení.
2. Znovu vložte potřebná okna spekter a pokračujte v analýze.

James Little: Část 1A - Řešení problémů (obnovení omylem odstraněných spekter)

Závěr

Preferovaný přístup v kombinaci s vylepšením Nearby Precursors poskytuje zjednodušený a efektivní způsob zpracování dat LC-MS a MSMS pomocí softwaru Thermo Freestyle. Tato metoda zajišťuje lepší organizaci spekter, snadnější výběr píků a rychlejší vyhledávání v databázích NIST MSMS.